مواد ۱۲، ۱۳ و ۱۵ این طرح از جمله موادی هستند که مرکز پژوهش‌های اتاق ایران با انتقاد نسبت به آن‌ها خواستار بازگشت از صحن و اصلاح آن‌ها شده است.

در تعریف پایه مالیاتی این مالیات مطابق ماده ۱۲ طرح، ۴ نوع دارایی (شامل املاک، وسایل نقلیه، طلا و ...، و ارز)، مشمول مالیات بر عایدی سرمایه شده‌اند و عایدی سهام از پایه مالیات حذف شده است. این در حالی است که در بسیاری از کشورها این عایدی را مشمول مالیات می‌کنند.

در گزارش مرکز پژوهش‌های اتاق ایران قید شده است: هدف از حذف سهام از دایره شمول مالیات بر عایدی سرمایه، حمایت از بازار سرمایه است. با این حال باید در نظر داشت این نحوه سیاست‌گذاری، دستیابی به اهداف طرح را تحت تأثیر قرار می‌دهد، توزیع درآمد را به نفع صاحبان سهام مخدوش می‌کند و با سوق دادن منابع به سمت بازار ثانویه، منجر به تورم دارایی‌ها و بی‌ثباتی ناشی از آن می‌شود و آثار سوء بر تخصیص منابع دارد. در این مقوله با کاهش بازدهی در دارایی‌های مشمول، خروج منابع از بازار ثانویه ملک و سایر دارایی‌ها و ورود خوش‌بینانه آن به بازار ثانویه سهام، کاهش تقاضا برای تولید سایر دارایی‌ها (مخصوصاً ملک) رقم می‌خورد. این کاهش تقاضای مؤثر (که یک اصل اساسی در اقتصاد است) باعث کاهش تولید ملک شده، و تمام حلقه‌های پیشین آن که شامل بیش از ۲۰۰ صنعت مرتبط با این بخش از جمله فولاد، سیمان، کاشی، شیشه، درب، پنجره و ... را دچار رکود می‌کند. به این ترتیب صنایع مزبور، دچار مازاد می‌شوند و چون در شرایط تحریم امکان صادرات برایشان محدود است بنابراین شاهد کاهش تولید، افزایش بیکاری و معضلات بعدی در این صنایع خواهیم بود. از سوی دیگر بسیاری از این صنایع که با کاهش تقاضای مؤثر مواجه می‌شوند متعلق به شرکت‌هایی هستند که در بورس اوراق بهادار فهرست شده‌اند. بنابراین، این شرکت‌ها نیز با کاهش تقاضای مؤثر برای محصولاتشان دیگر نیازی به سرمایه ورودی به بازار ثانویه ندارند و سرمایه ورودی نتیجه‌ای جز تورم دارایی‌ها نخواهد داشت.

این مرکز نکاتی را هم درباره ماده ۱۵ این طرح مطرح کرده است. بر اساس ماده ۱۵ طرح، در صورتی که دوره تملک دارایی‌هایی همچون املاک و مستغلات و وسائط نقلیه، بیشتر از سه سال و کمتر از شش سال باشد، باید از ۵۰ درصد «عایدی ناشی از تورم» مالیات اخذ شود و صرفاً بعد از شش سال، ۱۰۰ درصد عایدی ناشی از تورم از عایدی سرمایه کسر خواهد شد. این در حالی است که «تعدیل نسبت به تورم» از جمله محورهای مهمی است که در اکثر کشورهای مجری مالیات بر عایدی سرمایه، حتی در کشورهای توسعه‌یافته‌ای که با نرخ‌های تورم اندک روبرو هستند، به طور جدی مورد توجه است و بر اساس تجربیات بین‌المللی، اجتناب از مالیات‌ستانی از تورم، یک اصل اساسی است.

بر همین اساس مرکز پژوهش‌های اتاق ایران معتقد است احکامی از این دست به شدت مشروعیت مالیات‌ستانی را دچار خدشه می‌کند. مدافعان اخذ مالیات از تورم بر این باور هستند هنگامی که فعالیت‌های سوداگرانه، سودآور است تقاضای سفته‌بازانه پول افزایش پیدا کرده و منجر به خلق پول برای سوداگران می‌شود که نتیجه آن تورم است. بر فرض صحت چنین ادعایی، گرفتن مالیات از عایدی حاصل از تورم در کوتاه‌مدت (بازه یک‌ساله)، تقاضای سفته‌بازانه پول را کاهش می‌دهد بنابراین هدف محقق می‌شود و نیازی به تعمیم آن به دوره بیش از یک سال نیست.

به علاوه در اینجا این مرکز به یک خطای ترکیب اشاره کرده است. چرا که به این ترتیب، کسانی که پیشگام سوداگری هستند، قیمت‌ها را افزایش می‌دهند و به افزایش سطح عمومی قیمت‌ها دامن می‌زنند ولی سایر صاحبان دارایی بدون دخالت در این فرآیند تا شش سال باید دارایی خود را نگه دارند تا مشمول مالیات از تورم نشوند.

به علاوه از آنجا که در سال‌های اخیر، جنس تورم در ایران از نوع فشار هزینه بوده است و نه از نوع فشار تقاضا، این دیدگاه توان تبیین صحیح تورم را ندارد و راهکار پیشنهادی اخذ مالیات بر عایدی سرمایه بدون تعدیل تورمی نمی‌تواند گره‌ای از مسئله تورم کشور باز کند.

بنابراین مرکز پژوهش‌های اتاق ایران این پیشنهاد را مطرح کرده که جز در بازه زمانی کوتاه‌مدت که در آن بازه آثار سوداگری معنادار است، اخذ مالیات از عایدی سرمایه به معنای واقعی کلمه در دستور کار قرار گیرد و نه مالیات از عایدی حاصل از تورم. همچنین این مرکز تأکید کرده است که برای از بین نرفتن مشروعیت نظام مالیاتی، حتی به بهانه کنترل تورم نیز از تورم، مالیات اخذ نشود.

اما ماده ۱۳ این طرح که شامل طیف متنوعی از معافیت‌ها و استثنائات در طرح مالیات بر عایدی سرمایه است، نیز مورد توجه مرکز پژوهش‌های اتاق ایران قرار گرفته است. این مرکز معتقد است حتی با فرض آنکه شرایط اقتصاد کلان کاملاً مناسب تصویب و اجرای مالیات بر عایدی سرمایه باشد و تمامی بسترهای اجرایی نیز به طور قابل قبولی فراهم باشد، به دلیل آنکه اصول مبنایی در طراحی مالیات بر عایدی سرمایه، رعایت نشده است با طیفی از معافیت‌های پیشنهادی در طرح (از معافیت به ازای همسر و فرزندان بالای ۱۸ سال (تا ۴ واحد) گرفته تا معافیت زمین‌های زراعی و باغ‌ها در کنار حذف سهام)، روبرو هستیم که در تجربه کشورهای مجری این پایه مالیاتی بی‌سابقه است و عملاً وصول مالیات را منتفی می‌کند.

اگر مالیات منطبق بر مفهوم باشد و نرخ آن، مخصوصاً در ابتدای امر، بالا و بازدارنده نباشد، می‌توان منطبق بر اصول اصلاحات مالیاتی عمل کرد: شمول فراگیر پایه مالیاتی با نرخ پایین. یعنی، به جز محل سکونت و خودروی شخصی فرد، همه دارایی‌های افراد پس از تعدیل در برابر تورم، با نرخی پایین و ثابت مشمول مالیات بشوند. این موضوع باعث می‌شود مقاومت در برابر مالیات به شدت کاهش پیدا کند، مقدمات لازم برای اعمال مالیات تخفیف یابد و پیچیدگی‌های غیر ضرور طرح کاهش یابد.