برای فرآیند ثبت اعتراض به اوراق تشخیص مالیات از جمله اوراق تشخیص مالیات ناشی از تولید اظهارنامه برآوردی، مطالبه مالیات یا برگ اجرایی (مالیات مسکونی خالی، مالیات خودرو­های گران­ قیمت و مالیات واحد­های مسکونی و باغ­‌ویلا­های گران­ قیمت)، اعلام نتیجه رسیدگی، استرداد، آرای هیأت‌های حل اختلاف مالیاتی حسب مورد، مؤدیان مالیاتی می‌توانند ظرف مهلت‌های مقرر قانونی، اعتراض خود را به صورت الکترونیکی از طریق پنجره واحد خدمات الکترونیکی سازمان امور مالیاتی کشور به نشانی tax.gov.ir ثبت کنند.

بر این اساس، پس از آن که مودی از طریق سامانه مذکور وارد حساب خود شد باید از منوی "داشبورد مالیاتی" بخش "درخواست‌ها" و پس از آن از طریق گزینه "ثبت اعتراضات و شکایات"، اعتراض خود را ارسال کند.

پس از ثبت موفقیت آمیز درخواست اعتراضات و شکایات، کد رهگیری توسط سامانه صادر و مؤدیان از طریق کد مذکور می‌توانند درخواست ثبت شده را از طریق سامانه پیگیری کند.

بنابراین، اعتراض‌های ثبت شده از این طریق نیازی به ارائه دستی یا پستی اعتراض به واحدهای امور مالیاتی ذی‌ربط را نخواهند داشت. در اعتراض به برگ تشخیص مالیات ناشی از تولید اظهارنامه برآوردی، تسلیم اظهارنامه منطبق با مقررات در مهلت قانونی تسلیم اعتراض شرط رسیدگی به اعتراض است.