تا سال 1390 بودجه ادارات کل امور مالیاتی از طرف استانداری‌ها تخصیص داده می‌شد ولی از سال 1391 در اجرای ماده 36 قانون مالیات بر ارزش افزوده بودجه کلیه ادارات کل امور مالیاتی به صورت متمرکز از طرف ستاد سازمان پرداخت می‌شود.

با توجه به گزارش سازمان امور مالیاتی کشور، مجموع کل اعتبارات این سازمان براساس بودجه سال 1403 برابر با 33 هزار و 812 میلیارد تومان است. از این رقم، 17 هزار میلیارد تومان مربوط به درآمدهای اختصاصی ردیف 110101 بودجه، 7.3 هزار میلیارد تومان مربوط به درآمدهای اختصاصی ماده 39 ق.م.ا و 3.6 هزار میلیارد تومان نیز مربوط به ماده 217 ق.م.م است.

جدول زیر اعتبارات سازمان را طی برنامه چهارم برنامه پنجم و ششم توسعه نشان می‌دهد.