تحریم‌های نفتی و بانکی در عمل به‌وضوح نشان داد که تکیه بر اقتصاد تک‌محصولی و صادرات نفت تا چه میزان کشور را در برابر تنش‌های بیرونی آسیب‌پذیر و بی‌دفاع می‌کند و در مقابل،  تنوع‌بخشی به اقلام صادراتی مانند محصولات پتروشیمی چه تاثیر بی‌نظیری در شکستن اثرات فشار و تحریم دارد. کمااینکه در مقابل محدودیت‌ فروش نفت خام و انتقال پول آن،  صنعت پتروشیمی کشور توانست با موفقیت بسیار بیشتری محصولات خود را صادر و پول آن را به کشور منتقل کند  یا برای خرید ملزومات کشور از خارج، به کار گیرد.
به نظر می‌رسد بر سر راه توسعه ظرفیت‌های پالایشی نفت خام ایران چالش‌ها و مشکلات زیادی وجود داشته باشد که برای غلبه بر آنها آگاهی،  دانش و بینش صحیح به ویژه در حوزه‌های حاکمیتی نفت و طراحی سازوکارهای بهینه برای استفاده حداکثری از ظرفیت‌های کشور از جمله مهم‌ترین الزامات محسوب می‌شوند. به‌عبارت دقیق‌تر، وزارت نفت در دوران پس از خصوصی‌سازی باید بیاموزد که به جای آه و ناله درباره در اختیار نداشتن تصدی واحدهای پالایشی و پتروشیمی، ‌ نقش‌های حاکمیتی،  تسهیل‌گری و تنظیم‌گری را بر عهده بگیرد.
به گزارش خبرگزاری فارس،  شرکت‌های پالایشی که سهام آنها به بخش خصوصی یا بخش عمومی غیردولتی واگذار شده است،  در مجامع عمومی سالانه خود وضعیت و مشکلات شرکت را برای سهامداران به‌صورت شفاف توضیح می‌دهند. توجه به محورهای مطرح شده از سوی این شرکت‌ها در مجامع عمومی،  می‌تواند به درک بخشی از مشکلات عام توسعه صنعت پالایش در ایران کمک کند. بخشی از این مشکلات با رویه‌های عمومی کشور مانند توزیع یارانه‌ای سوخت در ارتباط است و بخشی دیگر با مشکلات قانونی و رویه‌های عمومی وزارت نفت و دیگر بخش‌های دولتی که اصلاح آنها پیش‌شرط آزادسازی ظرفیت‌های باارزش و کلان کشور است.
1- ابهام اساسی در نحوه تعیین قیمت نفت خام و میعانات گازی
مدیران صنعت پالایش کشور در مجامع عمومی و در پاسخ به پرسش‌های سهامداران خود می‌گویند در متن قانون بودجه اشاره شده که مبنای تعیین قیمت نفت خام تحویلی به پالایشگاه‌ها نرخ محموله مشابه صادراتی در همان ماه است؛ اما به دلیل عدم دسترسی به منابع معتبر،  بررسی و مطابقت و حصول اطمینان از قیمت اعلام شده از سوی وزارت نفت امکان‌پذیر نیست.
در‌عین‌حال مقایسه قیمت‌های اعلام شده با قیمت‌های مندرج در نشریات معتبر از تفاوت بین قیمت‌های بین‌المللی و قیمت‌های اعلام شده از سوی شرکت ملی نفت و شرکت ملی پالایش و پخش حکایت دارد.
مدیران پالایشی می‌گویند بر‌اساس تکلیف شرکت ملی پالایش و صرفا براساس نگاه ملی، موظف هستند انواع نفت خام بدون کیفیت را دریافت کنند اما به‌رغم این مساله،  نه‌تنها قیمت این نوع نفت خام نسبت به ارزش واقعی آن تعدیل نمی‌شود،  بلکه باعث تحمیل هزینه‌های هنگفت جانبی از قبیل خوردگی تجهیزات و امثال آنها می‌شود که در محاسبات نهادهای حاکمیتی مانند شرکت ملی نفت و پالایش و پخش جایی ندارد.
به علاوه پالایشگران می‌گویند بنا به دلایل نامشخص و به‌صورت مکرر طی سال اعلامیه‌های متعدد تعدیل قیمت نفت خام و میعانات گازی یا هزینه‌های جانبی صادرات و امثال آنها به شرکت‌های پالایشی ارسال می‌شود که مبنای محاسبات آن برای این شرکت‌ها نامشخص است و بی‌ثباتی مالی را در این شرکت‌ها موجب می‌شود.
2- مشکلات اجرای کیفی‌سازی قیمت‌های فرآورده‌های تولیدی و نفت خام دریافتی
بر‌اساس این گزارش،  پرداخت حق‌العمل پالایش نفت به پالایشگاه‌ها بر‌اساس کیفیت فرآورده تحویلی آنها یکی از اقدامات مثبت برای سوق دادن پالایشگاه‌ها به سرمایه‌گذاری در‌جهت بهبود کیفیت فرآورده‌ها محسوب می‌شود، اما فعالان صنعت پالایش می‌گویند  این رویه به شیوه‌ای اجرا شده است که هزینه‌های انجام‌شده برای کیفی‌سازی اصلا ملاک عمل قرار نگرفته و تاخیر در اجرای پروژه‌ها که صرفا بر‌اساس عملکرد نامناسب شرکت ملی مهندسی ساختمان نفت ایران صورت گرفته است،  اکنون با اعمال کیفی‌سازی گریبان‌گیر شرکت‌های پالایشی شده است.
شرکت ملی مهندسی و ساختمان نفت یکی از زیرمجموعه‌های شرکت ملی پالایش و پخش فرآورده‌های نفتی است که اجرای طرح‌های پالایشی را بر عهده دارد و بعضی پالایشگاه‌ها می‌گویند مجبورند طرح‌های توسعه خود را به‌رغم آنکه این شرکت طرح‌ها را با هزینه بسیار بالاتر از معمول و تاخیر زیاد اجرا می‌کند،  به این شرکت واگذار کنند و در‌عین‌حال هزینه تاخیر این شرکت دولتی را در قالب آیین‌نامه‌های کیفی‌سازی از جیب سهامداران خود بپردازند.
پالایشگرها می‌گویند در شرایطی که در کیفی‌سازی نفت خام تحویلی به پالایشگاه‌ها صرفا به درجهAPI نفت خام توجه شده و فاکتورهای موثر دیگر مانند میزان گوگرد،  آب و نمک مورد توجه قرار نگرفته است؛ در مقابل در کیفی‌سازی فرآورده‌هایی مانند بنزین عوامل متعددی از‌جمله میزان بنزن،  گوگرد و درجه اکتان لحاظ شده است.
انتقاد دیگر پالایشگران در این حوزه آن است که طبق آیین‌نامه و ضوابط اجرایی بودجه مقرر شده است فرآیند کیفی‌سازی طی یک برنامه و الگوی تدریجی تا پایان برنامه پنجم توسعه اجرا شود،  اما این امر محقق نشده و ظاهرا به‌صورت کامل قرار است در سال 93 اجرا شود.
پالایشگران می‌گویند این امر نه‌تنها شرکت‌ها را در مساله پیش‌بینی و ارائه عملکردهای 3، 6، 9 و 12 ماهه دچار مشکل کرده است بلکه بازار سرمایه را نیز دچار سردرگمی،  هیجان و تشویش کرده اعتراض سهامداران این شرکت‌ها را برانگیخته و خروج تدریجی سرمایه‌های آنها از بورس را سبب شده است.
شرکت‌های پالایشی می‌گویند به دلیل این مشکلات با گذشت حدود پنج ماه از سال هیچ یک از شرکت‌های پالایشی چشم‌اندازی از عملکرد سال جاری خود نداشته و امکان محاسبه سود و زیان خود را ندارند.
3- سهم 26 درصدی صندوق توسعه ملی از صادرات فرآورده‌ برخی پالایشگاه‌ها
بر‌اساس قانون بودجه،  پالایشگاه‌هایی که بهای نفت خام خود را به‌صورت ارزی به حساب‌های مورد تایید خزانه واریز می‌کنند از پرداخت سهم صندوق توسعه ملی از محل فروش فرآورده خود معاف خواهند بود. قیمت نفت خام توسط شرکت ملی پالایش و پخش به پالایشگاه‌ها اعلام شده و فروش‌ فرآورده‌های اصلی تولیدی پالایشگاه‌ها نیز توسط شرکت‌ ملی پخش فرآورده‌های نفتی و امور بین‌الملل شرکت ملی نفت انجام شده و به پالایشگران اعلام می‌شود.
به عبارت دقیق‌تر این شرکت‌ها هیچ نقش یا دخالتی در پرداخت بهای نفت خام یا دریافت وجوه حاصل از فروش فرآورده‌های اصلی خود ندارند. با این وجود به دلیل نامشخصی در سال 92 رقم‌های قابل توجهی از درآمد صادرات محصولات این شرکت‌ها به نفع سهم 26 درصدی صندوق توسعه ملی برداشت شده است. این رقم تنها در مورد یکی از پالایشگاه‌های کشور به 780 میلیارد تومان بالغ می‌شود.
شرکت‌های پالایشی می‌گویند بی‌توجهی به مقررات و قوانین و همچنین بی‌ثباتی در وضع و اجرای قوانین امکان برنامه‌ریزی برای توسعه و افزایش ظرفیت را از آنها خواهد گرفت.
4- تامین نشدن نقدینگی توسط شرکت ملی پالایش و پخش
قانون بودجه،  شرکت‌های پالایشی را مکلف کرده است وجوه حاصل از فروش فرآورده‌های اصلی خود را از طریق شرکت ملی پالایش و پخش به حساب خزانه واریز کنند.
بر اساس همین قانون پس از کسر بهای نفت خام، مابه‌التفاوت این وجوه باید به حساب پالایشگاه‌ها واریز شود. اجرا نشدن به موقع بخش دوم این فرآیند مالی یعنی واریز مابه‌التفاوت یاد شده به حساب شرکت‌های پالایشی مشکلات زیادی برای شرکت‌های پالایشی ایجاد کرده و بسیاری از این شرکت‌ها در پایان سال 92 طلب‌های چند هزار میلیارد تومانی از دولت دارند که نه تنها امکان‌سرمایه‌گذاری‌های جدید را از آنها سلب کرده بلکه در اداره امور جاری خود نیز با مشکلاتی مواجه هستند.
به همین دلیل اغلب این پالایشگاه‌ها قادر به پرداخت به موقع دیون و تعهدات قانونی و قراردادی سنواتی و معوق خود از جمله سود ابراز شده،  سود سهام عدالت، ‌ سود سازمان تامین اجتماعی، ‌ مالیات عملکرد و امثال خود نبوده‌اند.
5- مشکلات مربوط به قیمت‌گذاری و صادرات فرآورده‌های ویژه
شرکت‌های پالایشی به جز تولید 5 فرآورده اصلی که قیمت‌گذاری و توزیع آن به دلیل اختصاص یارانه به آنها در اختیار دولت است فرآورده‌های دیگری مانند نفتا،  وکیوم باتوم،  روغن پایه سبک و سنگین و امثال آنها را نیز تولید می‌کنند که به‌صورت یارانه‌ای توزیع نمی‌شود و مدیریت فروش،  صادرات و قیمت‌گذاری آن می‌تواند بر عهده خود پالایشگاه‌ها گذاشته شود. با این وجود سیاست‌گذاری ثابت و مشخصی در بخش‌های حاکمیتی در این باره انجام نمی‌شود و در این حوزه نیز امکان برنامه‌ریزی برای آینده از پالایشگاه‌های موجود گرفته شده است.
چنانکه به‌عنوان مثال پالایشگرها می‌گویند به دلیل اعمال سیاست‌های حاکمیتی توسط شرکت ملی پالایش و پخش، ‌ شرکت‌های پالایشی اجازه صادرات فرآورده‌ ویژه خود را در 5 ماه نخست سال جاری نداشته‌اند.
شرکت‌های پالایشی می‌گویند در تعیین و تدوین سیاست‌های کلی و قیمت‌های فرآورده‌های ویژه و دیگر موارد مرتبط با موضوع فعالیت شرکت مشارکت داده نمی‌شوند و در عین حال رقابت واقعی در بورس کالا و انرژی به دلیل انحصار در تعیین قیمت فرآورده‌های ویژه توسط شرکت ملی پخش فرآورده‌های نفتی امکان‌پذیر نیست.علاوه بر 5 مشکل عمده‌ای که مورد اشاره قرار گرفت،  شرکت‌های پالایشی می‌گویند به‌رغم آنکه شرکت‌های پالایشی و پتروشیمی زیرمجموعه‌های وزارت نفت هستند اما تفاوت‌های اساسی در شیوه اداره آنها وجود دارد.
شرکت‌های پتروشیمی محصولات صادراتی خود را با نرخ ارز آزاد عرضه می‌کنند و در تعیین نحوه تامین خوراک خود چه از نظر مبدا تامین یا سایر موارد کاملا مختار هستند. همه درآمدهایشان نیز مستقیما به حساب‌های خودشان واریز می‌شود. در مقابل پالایشگاه‌ها نه در نحوه تامین خوراک آزادی عمل دارند،  نه درآمدهای ناشی از فروش فرآورده‌های اصلی‌شان به حساب‌هایشان واریز می‌شود و به‌صورت کلی از قدرت مانور و آزادی عمل کمتری نسبت به شرکت‌های پتروشیمی برخوردار هستند. در عین حال شرکت‌های پالایشی هنگام فروش فرآورده‌های خود موظف به دریافت 5درصد عوارض بابت توسعه خطوط لوله و امثال آن از خریدار هستند که این امر از جذابیت خرید محصولات آنها در بورس کالا و انرژی می‌کاهد در حالی که شرکت ملی گاز و شرکت‌های پتروشیمی چنین عوارضی را اخذ نمی‌کند. در مجموع،  با توجه به اهمیت جایگزینی صادرات فرآورده‌های نفتی و توسعه ظرفیت پالایشی کشور،  توجه به ثبات در قوانین و تصمیم‌گیری‌ها و همچنین تصحیح رفتار و مسیر حرکت نهادهای حاکمیتی صنعت نفت از تصدیگری به حاکمیتی باید به دقت مورد توجه قرار بگیرد. نهادهای رگولاتوری در جهان نقش بی‌بدیلی در چنین میدان‌هایی بازی می‌کنند.

پالایشگاه‌های فعال کشور برای افزایش ظرفیت خود با مشکلاتی دست و پنجه نرم می‌کنند که در نگاه اول مشکلات جاری محسوب می‌شود،  اما در عمل امکان هر نوع برنامه‌ریزی برای افزایش ظرفیت را از آنها سلب می‌کند. یکی از محورهای مهم و کلان اقتصاد مقاومتی پرهیز از خام‌فروشی و تکیه بر درآمد‌های ناشی از صادرات نفت خام و در‌مقابل توسعه زنجیره ارزش در صنعت نفت است.