بر اساس بخشنامه جدید گمرک، فقط شرکت‌های تعاونی مرز نشینی و واحدهای تولیدی مجاز به ترانزیت داخلی کالا می‌باشند.

بر مبنای بخشنامه مرکز واردات و امور مناطق آزاد و ویژه به منظور ساماندهی و وحدت عمل در کنترل تشریفات انتقال کالا تحت رویه ترانزیت داخلی، عبور  از گمرک مرزی به گمرکات داخلی امکانپذیر نبوده و صاحبان کالا موظف به ترخیص کالا در گمرکات ورودی می‌باشند.

شرکتهای تعاونی مرز نشینی با احراز مالکیت کالا و استعلام سهمیه‌های مجاز و همچنین شرکت‌های تولیدی که اقدام به واردات کالا نموده‌اند از شمول این بخشنامه مستثنی شده‌اند. همچنین اگر در اسناد حمل صریحا نام شهر داخلی ذکر گردیده باشد، این مورد نیز شامل بخشنامه ابلاغی نمی‌باشد.

به نظر می‌رسد بخشنامه اخیر گمرک ایران برای مقابله با تخلفات و سوء استفاده احتمالی در ترخیص کالا با استفاده از ترانزیت داخلی کالا صورت گرفته است.