یکی از مواردی که بارها گمرک را مورد انتقاد قرار داده است، امکان ورود کالاهایی است که به صورت رسمی، اما بدون مجوزهای لازم به کشور وارد می‌شود. پیش از این گفته می‌شد که برخی کالاها از مبادی قانونی کشور و از طریق کم اظهاری و بداظهاری به ایران وارد می‌شود و گمرک باید برای مقابله با این مشکلات، نظارت خود را بیشتر کند. در همین راستا، اخباری مبنی بر ورود بیش از هشت تن بادام هندی به ایران از طریق مبادی رسمی و منطقه ویژه اقتصادی شیراز منتشر شد که در آن‌ها گفته می‌شود با توجه به ممنوعیت واردات خشکبار، این محصولات بدون مجوز وزارت جهاد کشاورزی به ایران وارد شده است.

مدیرکل دفتر میوه‌های سردسیری و خشک وزارت جهاد کشاورزی نیز چندی پیش گفته بود: "با توجه به میزان و تنوع تولید محصولات خشکباری هیچ کمبودی برای تامین آن در کشور نداریم و واردات این محصولات ممنوع است و بر همین اساس تمام محموله‌های بادام هندی مجوزی نداشته و قاچاق محسوب می‌شوند و از آن‌جا که حتی در صورت نبودن این نوع از خشکبار مردم می‌توانند به راحتی از تنوع محصولات داخلی استفاده کرده و ویتامین و پروتئین مورد نیاز خود را از ۲۲ قلم آجیل و خشکبار تولید شده در کشور تامین کنند، مجوزی برای واردات بادام هندی نمی‌دهیم".

در این راستا، روابط عمومی گمرک جمهوری اسلامی ایران با تکذیب هرگونه واردات بدون اخذ مجوزهای مربوطه، گفت: واردات خشکبار و بادام هندی ممنوع نیست و واردکننده با ارائه مجوز واردات به گمرک می‌تواند نسبت به ترخیص آن اقدام کند. وی با بیان اینکه به هر حال گمرک دستگاه مجری است نه سیاست‌گذار، ادامه داد: گمرک تنها با دریافت مجوزهای لازم از سوی نهادهای مرتبط اقدام به ترخیص کالا می‌کند و در غیر این صورت به هیچ عنوان کالایی وارد کشور نمی‌شود. روابط عمومی گمرک در این‌باره خاطرنشان کرد: با توجه به اینکه تمامی سیستم ترخیص کالا در گمرک به صورت الکترونیک انجام می‌شود و دخالت فردی در آن وجود ندارد، اصولا امکان اینکه بدون دریافت مجوزهای لازم، کالا ترخیص شود، وجود نخواهد داشت. وی تاکید کرد که محصولات مذکور ثبت سفارش شده و با اخذ مجوز از وزارت جهاد کشاورزی به کشور وارد شده است.

به این ترتیب، حتی در صورتی که واردات خشکبار از سوی وزارت جهاد کشاورزی ممنوع هم شده باشد، زمانی که به هر دلیلی مجوز از سوی دستگاه‌های مربوطه را داراست، مشمول تعریف کالای قاچاق نمی‌شود و اصولا قاچاق خواندن این محصولات واردشده، محلی از اعراب ندارد. از سوی دیگر، با افزایش بازرسی‌های گمرک از طریق بازرسی فیزیکی و اشعه ایکس، احتمال بداظهاری و قاچاق کالا از طریق مبادی رسمی بسیار کاهش یافته و کشف قاچاق از این طریق نیز با افزایش چشمگیری روبرو بوده است.