یکی از این موارد، اعمال تحریم‌های اقتصادی علیه نظام بانکی است. با وجود اینکه نخستین‌بار در دی ماه سال ١٣٨٥، بانک سپه به اتهام ارتباط با یک موسسه مرتبط با فناوری موشکی در کره شمالی، مورد تحریم‌های یکجانبه امریکا قرار گرفت؛ اما موج اصلی تحریم‌های سیستم بانکی از سال ١٣٨٧ به بعد اعمال شد. وزارت خزانه‌داری امریکا در این تاریخ سه بانک ملی، ملت و صادرات را مورد تحریم اقتصادی قرار داد. ادعای وزارت خزانه‌داری در اعمال تحریم علیه بانک ملی، ارایه خدمات مالی به شرکت‌های مرتبط با برنامه موشکی، برای بانک ملت، تخصیص میلیون‌ها دلار به برنامه هسته‌ای و برای بانک صادرات، انتقال پول به جنبش حماس بود.

شورای امنیت سازمان ملل متحد در همان سال و پس از آن بر اساس قطعنامه‌های بعدی به اعمال تحریم‌های بانکی اقدام کرد. به دنبال اعمال تحریم‌های چندجانبه برخی کشورها مانند هند در سال ٢٠٠٨، روسیه در سال ٢٠٠٨، آذربایجان ٢٠٠٨، کره جنوبی ٢٠١٠، ژاپن ٢٠١١ و امارات ٢٠١١ به اعمال تحریم‌های یکجانبه بانکی علیه ایران اقدام کردند. اما اینکه نحوه اثرگذاری تحریم‌ها بر قدرت بازار بانک‌ها چیست در تحقیقاتی مفصل بررسی شده است. قدرت بازاری در صنعت بانکداری به وضعیتی اشاره دارد که در آن یک یا چند بانک می‌توانند سودی بالاتر از سایر بانک‌ها کسب کنند. قدرت بازاری می‌تواند ناشی از عوامل درونی بازار یا عوامل بیرونی باشد. وقوع بحران‌ها و اعمال تحریم‌های اقتصادی در زمره عوامل بیرونی بروز انحصار است.

در واقع تحریم بانکی از طریق افزایش هزینه‌های بانکی چون افزایش نرخ حق بیمه تسهیلات، افزایش نرخ تنزیل اسناد ایران در بانک‌های خارجی، افزایش کارمزدهای بانکی پرداختی در مراودات با بانک‌های خارجی، افزایش هزینه کارمزد گشایش اعتبارات اسنادی و افزایش هزینه‌های جایگزینی کارگزاران بانکی روی سیستم مالی و پولی کشور اثر گذاشته و در طول زمان موجب ادغام شدن برخی از بانک‌های کوچک در بانک‌های بزرگ خواهد شد. از طرفی تحریم‌ها از طریق کاهش اعتماد بین‌المللی به سیستم بانکی و کاهش مراودات فروشندگان بین‌المللی سودآوری سیستم بانکداری ایران را به‌شدت کاهش می‌دهد. خودداری فروشندگان از ارسال کالاهای مورد قرار داد به دلیل عدم امکان معامله اسناد و دریافت وجه، موجب بلاتکلیف ماندن کالاهای گشایش اعتبار شده از محل حساب ذخیره ارزی می‌شود و زیان عمده‌ای به سیستم بانکی کشور وارد می‌کند. بانک‌ها به منظور جبران زیان‌های وارده و افزایش سودآوری اقدام به ادغام و تغییر ساختار صنعت بانکداری می‌کنند. 

به طور کلی با اعمال تحریم و محدودیت، شرکت‌ها و مشتریانی که منابع مورد نیاز خودشان را از طریق گشایش اعتباری تامین مالی می‌کنند؛ دچار مشکل خواهند شد و به دلیل مکمل بودن تسهیلات ارزی و ریالی در فرآیند تولید نمی‌توانند محصولات خود را طبق زمانبندی پیش‌بینی شده تولید و از طریق فروش آنها تسهیلات خود را بازپرداخت کنند. از این رو به علت ناتوانایی در بازپرداخت تسهیلات این شرکت‌ها به نظر می‌رسد که بانک‌های تحریم شده در کوتاه‌مدت با افزایش مطالبات مواجه شوند. افزایش مطالبات بانکی می‌تواند موجب وارد شدن زیان به سیستم بانکی شده و موجبات خروج بانک‌های کوچک از صنعت یا ادغام آنها در بانک‌های بزرگ‌تر شود که خود تغییر در قدرت انحصاری بازار بانکی را در پی خواهد داشت.