براساس مقررات قانون مالیات‌های مستقیم مصوب سال 1366، فروش مسکن به‌صورت تجاری و یا به عبارتی ساخت مسکن با هدف فروش آن‌، به استناد ماده 77 (قانون فوق) مشمول مالیات می‌شد. این نوع مالیات که اصطلاحا به آن مالیات بساز و بفروشی اطلاق می‌شود، از دو گروه صاحبان املاک دریافت می‌شد:

گروه نخست اشخاصی که شغل آنها ساخت و فروش واحدهای مسکونی (یا اداری و تجاری) بود و دوم اشخاص حقیقی که در یک سال مالیاتی بیش از یک واحد مسکونی و یا دو واحد تجاری احداثی از سوی خود را که بیش از 2 سال از تاریخ خاتمه بنای آن نگذشته بود، به فروش می‌رسانند. تعیین گروه‌ها به منظور تفکیک فعالیت‌های تجاری در بخش ساخت‌وساز از سازندگانی بود که مسکن مورد معامله را قبلا با هدف تامین مسکن شخصی تولید کرده بودند.

مالیات بساز و بفروشی بر مبنای خالص درآمد حاصل از ساخت و فروش مجموع واحدهای مسکونی فروش رفته، طی یکسال مالیاتی، پس از کسر معافیت مالیاتی موضوع ماده 101 قانون مالیات‌های مستقیم و به نرخ‌های مندرج در ماده 131 قانون مذکور مصوب 1366، صورت می‌پذیرفت که برای ارقام بالای 300 میلیون ریال نرخ مالیات دریافتی بعضا تا 54 درصد نیز می‌رسید. با توجه به اینکه بالا بودن نرخ مالیاتی موضوع این ماده، منجر به ایجاد شبهه در کاهش انگیزه تولید در بخش ساختمان شده بود، در برنامه سوم توسعه تلاش بسیاری برای اصلاح و تغییر آن صورت پذیرفت.

بر این اساس در اصلاحیه سال 1380 قانون مالیات‌ها، اولین نقل‌وانتقال قطعی ساختمان‌های نوساز (اعم از مسکونی و ...)، مشمول مالیات مقطوع به نرخ 10درصد به ماخذ ارزش معاملاتی اعیانی قرار گرفتند. این مالیات که هر دوی اشخاص حقیقی و حقوقی را شامل می‌شد، تنها مالیات، بابت درآمد حاصل از ساخت و فروش املاک (مالیات بساز و بفروشی) به فعالان محسوب می‌شد. به اعتقاد کارشناسان حوزه مالیاتی با این اقدام عملا نرخ موثر مالیات بر درآمد حاصل از ساخت‌وساز در بخش املاک (اعم از مسکن) به شدت کاهش یافت و بهره‌مندی از کارکردهای درآمدی، توزیعی، تخصیصی و تثبیتی مالیات را به محاق برد. البته رویکرد مالیات‌ستانی قبل از انجام اصلاحات (قانون سال 1366) نیز در حصول دستاوردهای سیاستی چندان موفق نبود.

با توجه به اینکه بخش ساختمان و مسکن نقش قابل توجهی در اقتصاد ملی ایفا می‌کند و به واقع سهم بسیار بالایی از ثروت و درآمد ملی را به خود اختصاص داده، طبیعی است که در یک ساختار اقتصادی توسعه‌یافته، باید نقش موثرتری در نظام مالیاتی ایفا کند و همچنین رویکرد دولت در مواجهه با آن مشابه دیگر فعالیت‌های تولیدی و اقتصادی باشد و البته به اقتضای شرایط و ضرورت‌ها از معافیت‌ها، مشوق‌ها و حمایت‌های دولتی نیز برخوردار شود. به هر روی مالیات به‌عنوان مهم‌ترین و مرسوم‌ترین ابزار سیاست‌گذاری دولت در چارچوب قانونمند و عدالت‌محور می‌تواند در اتخاذ سیاست‌ها و تصمیمات صحیح اثرگذار بوده و در مواقع لزوم با اعمال مشوق‌ها در تنظیم و کنترل بازار موثر واقع شود.

از سوی دیگر مساله هزینه‌کرد درآمد حاصل از منابع طبیعی (نفت و گاز)، در مصارف جاری کشور و ناکارآمدی بهره‌مندی از آن در پروژه‌های عمرانی که عمدتا از اتکای بیش از حد دولت به درآمدهای نفتی و ضعف نظام مالیاتی سرچشمه می‌گیرد، تاکید و جدیت سیاست‌گذاران را بر اصلاحات اقتصادی به‌ویژه در سیستم مالیاتی برانگیخت و به این ترتیب تدوین اصلاحیه مقررات مالیاتی آغاز شد. بدیهی است که در انجام فرآیند اصلاحات اقتصادی، بخش مسکن ساختمان نیز مبرا از این رویه نبوده و همچون سایر بخش‌ها شیوه مالیات‌ستانی در آن دستخوش تغییراتی شده است.

نکته قابل‌توجه و تحسین‌برانگیز موضوع این است که فعالان و سازندگان بخش مسکن و ساختمان، بر پایه نظری مساله مالیات‌ستانی و رویکرد عدالت‌محوری آن تاکید داشته و خود را مقید به پرداخت مالیات و رعایت چارچوب قانون می‌دانند. اما آنچه منجر به بروز تضاد فکری در این حوزه و برداشت‌های متفاوت و متناقض شده، اختلافات ساختاری شیوه فعالیت در بخش ساختمان با دیگر فعالیت‌های تولیدی و عدم توجه کافی سیاست‌گذار به ظرافت‌های حاکم بر این موضوع بوده است. پیچیدگی شرایط تولید در بخش مسکن به لحاظ دوره ساخت طولانی، سهم بالای زمین در هزینه ساخت، شیوه‌های تامین مالی که عمدتا در قالب مشارکت با بانک‌ها یا اشخاص صورت می‌پذیرد و...، در شرایطی که سابقا اقتصاد کشور با نوسانات تورمی بالا مواجه و اغلب ریسک در آن بالا بوده است، نحوه محاسبه سود و زیان و تدقیق درآمد واقعی آن را با ابهام مواجه کرده است.

پیش‌بینی می‌شود که سازمان امور مالیاتی در محاسبه و اخذ مالیات این بخش با چالش و دشواری مواجه خواهد شد. به‌ویژه اینکه شرکت‌های حقوقی بر جمع درآمدهای خود نیز مالیات بر عملکرد پرداخت خواهند کرد که احصا و تفکیک آن با درآمد ساخت و فروش، خود یک مساله است. همچنین نواقص و تضادهای موجود در بطن قانون، این دشواری را مضاعف خواهد کرد و ممکن است منجر به عدم کارکرد صحیح آن بر شاخص‌های بازار شود. در صورتی که دقت نظر بیشتر در تدوین این ماده قانونی، می‌توانست تا حدود زیادی در رفع مشکلات آن و تطابق با شرایط اقتصادی کشور موثر واقع شود.

با این وجود تلاش‌های بسیاری برای تدوین آیین‌نامه با لحاظ کمترین آسیب‌ها به بخش مسکن صورت پذیرفت که با همکاری سازمان امور مالیاتی و استفاده از ظرفیت‌های قانون، تعدیلات عمده‌ای در آن صورت پذیرفت. با این وجود به‌نظر می‌رسد با بازنگری در ماده 77 اصلاحیه قانون مالیات‌های مستقیم و با لحاظ شرایط اقتصادی کشور و اقتصاد بخش ساختمان بتوان، مقررات مالیات ساخت و فروش ساختمان را به گونه‌ای تعدیل کرد که علاوه بر حصول نتایج و کارکردهای بهتر سیاست‌گذاری، آثار برجای مانده بر بازار ساختمان و فعالیت سازندگان بخش مسکن را تعدیل کند.