در تمامی تعاملات اقتصادی و کاری، وجود نظام‌های مالی کارآ موجب حرکت صحیح و پایدار می‌شود. در رابطه صنعت و دانشگاه سه مجموعه شرکت‌های صنعتی و تولیدی (مانند شرکت‌های بزرگ صنعتی، هلدینگ‌ها و شرکت‌های تولیدی مستقر در شهرک‌های صنعتی)، نهادهای دانشگاهی (مانند بخش‌های پژوهشی و فناوری دانشگاه، شرکت‌های دانش‌بنیان و شرکت‌های فناور منشعب از دانشگاه) و نهادهای میانجی با هم همکاری و تعامل می‌کنند.

نهادهای میانجی متشکل از نهادهای تامین مالی، نهادهای ضمانت و بیمه، نهادهای کارگزاری، نهادهای توانمندسازی، نهادهای سیاست‌گذار و تسهیل کننده و نهادهای ارزیابی کننده توانمندی‌ها هستند. همان‌گونه که بیان شد یکی از مهم‌ترین نهادهای میانجی در شکل‌گیری رابطه صنعت و دانشگاه، نهادهای تامین مالی هستند. در دنیا ارتباط صنایع با نهادهای دانشی و دانشگاهی از طریق الگوهای مختلفی همچون شتاب‌دهنده‌های سازمانی، مراکز رشد سازمانی، صندوق‌های سرمایه‌گذاری خطرپذیر شرکتی یا فرآیندهای تضمین خرید پیگیری می‌شود.

در تمام این الگوها نقش نهادهای میانجی تامین مالی دارای اهمیت جدی است. به‌ویژه با درک این واقعیت که یکی از چالش‌های ارتباطی در کشور میان دانشگاه و صنعت کمبود نقدینگی کافی و ریسک‌پذیر، نزد صنعت و مجموعه‌های دانشگاهی است که این ارتباط را تحت‌تاثیر قرار می‌دهد. در این راستا نظام تامین مالی دانش‌بنیان باید سه نقش کلیدی را برعهده بگیرد. الف) تامین مالی حمایتی از نهادهای تحقیقاتی و دانشگاهی برای انجام پژوهش‌های کاربردی و توسعه فناوری؛ ب) تامین مالی از شرکت‌های کوچک دانش‌بنیان به شکل اقتصادی برای توسعه محصول و توانمندی‌ها در این شرکت‌ها؛ ج) تامین مالی شرکت‌های صنعتی از طریق فعالیت‌های توسعه بازار همچون لیزینگ و ضمانت محصولات شرکت‌های دانش‌بنیان. این سه کنش منطقی نظام تامین مالی نیاز به نگاهی جامع و یکپارچه به نظام تامین مالی، دانش‌بنیان دارد.

در ایران نیز هم‌اکنون یکی از چالش‌های کلیدی، نبود این نگاه جامع و یکپارچه است که سطح تعاملات صنعت و دانشگاه را به شدت کاهش داده است. نقش اول نظام تامین مالی دانش‌بنیان که نگاهی حمایتی از نهادهای تحقیقاتی و دانشگاهی برای انجام پژوهش‌های کاربردی و توسعه فناوری دارد در ایران به شدت تضعیف شده است. درحالی‌که در سایر کشورها این نهادها که عمدتا مبتنی بر گرنت هستند، نقش بسیار کلیدی در گام‌های اول همکاری بازی می‌کنند. به‌طور مثال نهادی چون بنیاد ملی علم(NSF) در ایالات متحده آمریکا بخش مهمی از این نقش حمایتی را بازی می‌کند. ولی اکنون در ایران با توجه به بنیه ضعیف مالی دانشگاه‌ها و نبود یک نظام یکپارچه گرنت در دانشگاه‌ها و مراکز تحقیقاتی این حوزه به شدت تضعیف شده است؛ به گونه‌ای که خروجی‌های تحقیقاتی و فناوری دانشگاه از بنیه کافی برای رفع نیاز صنعت برخوردار نیست.

واقعیت آن است که نمی‌توان از محققی که تمامی مراحل تحقیقاتی خود را به علت عدم توانمندی‌های مالی در قالب شبیه‌سازی انجام داده است، انتظار داشت محصولی تولید کند که مشکل صنعت را مرتفع سازد. هم‌اکنون آمار خروجی شرکت‌های دانش‌بنیان و فناور از دانشگاه‌ها در کشور نیز مبین همین واقعیت است و نشان‌دهنده این است که خروجی مستمر و پویایی که بتواند به دستاوردهای اقتصادی دانش‌بنیان در کشور منجر شود به خوبی شکل نگرفته است.

اما در نقش دوم که حمایت اقتصادی از مجموعه‌های دانش‌بنیان است در سال‌های اخیر با تشکیل صندوق نوآوری و شکوفایی به‌عنوان نهادی اقتصادی و تزریق منابع مالی مناسب به آن، تا حدی این مشکل برای بخشی از شرکت‌ها مرتفع شده است، ولی نبود حلقه پیشین، (که عمدتا در دانشگاه‌ها و مراکز تحقیقاتی تبلور می‌یابد) اقتصادی بودن این حمایت‌ها را نیز تحت‌تاثیر قرار می‌دهد. نبود طرح‌های مناسب به تعداد کافی فرآیند تامین مالی را ریسک‌پذیرتر می‌کند. همچنین نیاز است تا نظام بانکی کشور نیز به مباحث ریسک‌پذیرتر در حوزه‌های فناوری و دانش‌بنیان ورود پیدا کند. نقش سوم در نظام تامین مالی مرتبط با حمایت‌ها از توسعه سمت تقاضا از طریق حمایت‌های مالی همچون لیزینگ محصولات دانش‌بنیان و ضمانت و بیمه محصولات آنها برای استفاده در صنعت است.

لیزینگ محصولات دانش‌بنیان، این امکان را به شرکت‌های دانش‌بنیان و نهادهای دانشگاهی تولیدکننده محصول فناورانه می‌دهد که مشتریان بیشتری از سمت صنعت جذب کنند و در واقع مشکل نقدینگی ابتدایی صنعت برای خرید محصولات دانش‌بنیان از این طریق تا حد زیادی مرتفع می‌شود و با فرآیندهای ضمانت که از سوی نهادهای تامین مالی انجام می‌شود به واحدهای صنعتی اطمینان لازم برای بهره‌برداری از محصولات دانش‌بنیان داده می‌شود. البته پرواضح است که نهاد تامین مالی کارکردهای دیگری همچون کمک در فرآیندهای توانمندسازی یا شناسایی نیازهای صنعت را نیز می‌تواند برعهده بگیرند.