این اهداف باید در افق میان‌مدت تامین شوند. اما در درازمدت، دولت قصد دارد ابزارهای شناسایی جدیدی را برای خود ایجاد کند و ظرفیت مالیات‌ستانی را افزایش دهد. دولت برای این هدف، 10 تغییر عمده را مدنظر قرار داده و برای آن برنامه ریخته است. بازنگری در نظام انگیزشی ماموران و مودیان مالیاتی، حمایت از افشاگران مالیاتی، ارتباط بین پایگاه‌های داده مختلف در دسترس دولت، تغییر ساختار نظام مالیاتی از مالیات بر شرکت به مالیات بر درآمد افراد و حذف معافیت‌ها مهم‌ترین تغییرات ساختار مالیاتی در درازمدت بوده‌اند.

دولت در کتابی با عنوان «کتاب دوازده» اهداف و اولویت‌های راهبردی دولت دوازدهم در حوزه‌های گوناگون را تشریح کرده است. در حوزه اقتصادی، یکی از نواحی حائز اهمیت، نظام مالیاتی است. دولت در این کتاب بسته‌ای با عنوان «سیاست‌های اصلاح نظام مالیاتی» ارائه کرده است. برنامه جامع اصلاح در نظام مالیاتی در افق کوتاه‌مدت به‌دنبال افزایش درآمدهای مالیاتی و در افق میان‌مدت به‌دنبال افزایش کارآیی نظام مالیاتی و افزایش ظرفیت مالیات‌ستانی دولت است.

مالیات بر مشاغل: در این بخش دولت سعی دارد تا با تجمیع درآمدها در یک نظام واحد، از مجموع درآمد شخصی مالیات بگیرد. همچنین به‌منظور شناسایی بخشی از فرارهای مالیاتی، دولت درصدد است تا اظهارنامه ارزش افزوده را به کار گیرد. علاوه‌بر این دو مورد، دولت دوازدهم باید طرح صندوق مکانیزه فروش را در سال اول خود اجرایی کند.

مالیات بر شرکت‌ها: در این زمینه سیاست دولت حمایتی است؛ به‌طوری‌که رونق تولید و اشتغال در اولویت است و حول این محور، سیاست‌های مالیاتی تنظیم شده است. طبق این اصل، دولت قصد دارد نرخ مالیات بر سود شرکت‌ها را کاهش دهد و این نرخ را متناسب با شاخص‌های پیش‌نگر چرخه‌های تجاری تعیین کند؛ در این حالت در دوره رکود، مالیات بر سود شرکت‌ها از تخفیف یا معافیت مالیاتی برخوردار خواهد شد.

دولت دوازدهم همچنین در نظر دارد تا در سال دوم حیات خود، با هدف توسعه وضعیت بازرسی از مودیان مالیاتی، نظام حسابرسی هدفمند را اجرایی کند. با دید 4 ساله و میان‌مدت، طبق برنامه دولت باید لایحه حمایت از افشاگری مالیاتی را تدوین کند. همچنین دولت درصدد است تا طی این 4 سال، زیرساخت‌های اطلاعاتی را توسعه دهد تا امکان ارتباط بین ابزارهای مختلف مالیاتی با هدف افزایش تمکین و بهبود عدالت مالیاتی فراهم شود.

مالیات بر زمین و املاک: دولت در این ناحیه به شکل جدی قصد ورود دارد. در برنامه ارائه شده از سوی دولت آمده است: «جمع‌آوری مالیات بر زمین و املاک نیز به عنوان یکی از ابزارهای ایجاد درآمد پایدار که با کمترین اختلال در فرآیند تولید و اشتغال همراه است در دستور کار دولت قرار گیرد.» سازوکار پیشنهادی برای شناسایی واحدها و تعیین این مالیات، ایجاد یک پایگاه داده مشترک با شهرداری است. دولت برنامه دارد تا ظرف مدت چهار سال آینده، این مالیات را به صورت سراسری در کل کشور اعمال کند.

مالیات بر ارزش افزوده: دولت دوازدهم در برنامه ارائه شده خود در نظر دارد تا دریافت و استرداد مالیات بر ارزش افزوده را با کمترین وقفه انجام دهد. برای این هدف دولت تنظیم و بازنگری در فرآیندهای قانونی را در برنامه خود دارد. دولت تا سال 1400 می‌خواهد که مالیات بر ارزش افزوده و مالیات بر زمین و املاک را جایگزین مالیات از بنگاه‌ها کند. بر این اساس سطح پوشش مالیات ارزش افزوده و نرخ آن طی سال‌های برنامه باید به‌گونه‌ای تنظیم شود که مالیات بر ارزش افزوده در کنار مالیات بر زمین و املاک به تدریج جایگزین کاهش مالیات‌ستانی از بنگاه شود.

مالیات بر حقوق: دولت دوازدهم در چهار سال آینده می‌خواهد یک نظام یکپارچه مالیاتی را بر مجموع درآمد اشخاص حقیقی حاکم کند.

چشم‌انداز بلندمدت نظام مالیاتی

دولت در افق بلندمدت افزایش کارآیی نظام مالیاتی را هدف گرفته است. افزایش کارآیی نظام مالیاتی در نهایت منجر به این خواهد شد که ابزارهای شناسایی جدیدی برای وصول مالیات پدید آید و ظرفیت مالیات‌ستانی دولت نیز افزایش پیدا کند. برای این هدف در برنامه منتشر شده از سوی دولت، 10 زیرهدف تعیین شده است تا دولت با رسیدن به اهداف خرد، هدف کلان را تامین کند.

اولین تغییری که در برنامه دولت ذکر شده، تغییر ساختار نظام مالیاتی از مالیات بر شرکت‌ها به مالیات بر درآمد افراد است. در واقع در این حالت از مالیات بخش حقوقی کاسته شده و بر مالیات بخش حقیقی افزوده می‌شود. این رویکرد احتمالا به این دلیل اخذ شده که مالیات‌ستانی از افراد حقیقی دقیق‌تر بوده و راه فرار کمتری نسبت به اشخاص حقوقی برای آنها محتمل است. دومین هدفی که در برنامه درازمدت دولت به چشم می‌خورد، حذف معافیت‌ها است. کارشناسان نیز معتقدند که معافیت‌های مالیاتی غیرضرور کمکی به رونق تولید و اشتغال در کشور نخواهد کرد. در کنار این موضوع، برنامه ارائه شده بر اولویت دادن به افزایش در پوشش مالیاتی به جای افزایش در نرخ مالیات نیز تاکید دارد. هدف سوم نظام مالیاتی در افق بلندمدت، کاهش تکیه بر ابزارهای ناکارآمد است. در این زمینه برنامه پیشنهاد داده که مالیات بر مجموع درآمد بر ابزارهای ناکارآمدی چون مالیات بر واردات و سود شرکت‌ها و مالیات بر مشاغل جایگزین شود.

چهارمین هدف دولت برای اصلاح ساختاری نظام مالیاتی، افزایش تدریجی سهم مالیات زمین و املاک است. این هدف در میان‌مدت نیز در برنامه دولت پررنگ خواهد بود. با تکرار این بند در افق بلندمدت، باید انتظار داشت که چتر مالیات بر زمین و املاک در سطح کشور گسترده شود. هدف پنجم در برنامه درازمدت، ایجاد نظام یکپارچه رفاهی-مالیاتی است. استفاده از حسابرسی هدفمند نیز ششمین هدفی است که توسط برنامه ارائه شده از سوی دولت مطرح شده است. حسابرسی هدفمند نقاط مهم مالیاتی را مورد هدف قرار می‌دهد. هفتمین موردی که نظام مالیاتی کشور در بلندمدت در جهت اصلاح آن حرکت خواهد کرد، مربوط به حسابرسان و مودیان مالیاتی می‌شود. در این مورد برنامه بازنگری در نظام انگیزشی ماموران حسابرسان و مودیان مالیاتی را پیشنهاد داده است. بازنگری در این نظام می‌تواند باعث کمرنگ شدن دریچه‌های فسادزایی شود که ماموران را تهدید می‌کند.

هدف هشتم دولت در راه رسیدن به نظام مالیاتی مناسب، ایجاد ارتباط میان پایگاه‌های داده‌ای مختلف در دسترس دولت است. این پایگاه‌ها می‌توانند شامل ثبت احوال، مرکز آمار و سازمان ثبت اسناد و املاک کشور باشد تا کار مالیات‌ستانی را دقیق‌تر و موثرتر کند. همچنین دولت به‌منظور افزایش ظرفیت مالیات‌ستانی خود، می‌خواهد از افشاگران مالیاتی حمایت کند. حمایت دولت از افشاگران، زمینه بروز فساد و فرار مالیاتی را نیز به شکل موثری کاهش خواهد داد. علاوه‌بر حمایت امنیتی و اطلاعاتی از افشاگران، دولت می‌تواند تشویق‌هایی نیز برای افشاگران مالیاتی در نظر گیرد. آخرین زیرهدفی که دولت را به هدف کلان خود خواهد رساند، بازنگری در روابط دولت مرکزی با دولت‌های محلی است. این بازنگری به‌منظور تجمیع عوارض ذیل نظام مالیاتی و تامین مالی محلی از طریق آن صورت خواهد گرفت.