به نظر می‌رسد بیش از نرخ مالیات بر درآمد و مالیات بر ارزش‌افزوده روش و آیین‌نامه‌های نادرست، بسترساز نارضایتی مودیان مالیاتی است. سازمان امور مالیاتی در باتلاق بروکراسی فرو‌رفته است و سه عامل عدم توسعه زیرساخت‌های الکترونیک و حذف پرونده‌های مکتوب، عدم بازنگری در آیین‌نامه‌های عملیاتی و ناتوانی در گسترش دامنه مالیات‌ستانی پاشنه‌آشیل این سازمان به شمار می‌رود.

از سوی دیگر در بخش فرآیند مصرف و اختصاص درآمد مالیاتی نیز هیچگاه رضایتمندی مردم و بخش خصوصی بهبود نیافته است و همچنان این درآمد گزاف به‌جای توسعه خدمات‌رسانی به عموم مردم صرف هزینه‌های جاری دولت می‌شود.  در ایران خلأهای قانونی فراوانی وجود دارد اما در بسیاری موضوعات بیش از نقص قانون این رویه‌ها هستند که به درستی تعریف و اجرا نمی‌شوند.

مشکل اصلی قانون مالیات‌های مستقیم و نیز لایحه اصلاح این قانون، نادرست بودن روش‌های اجرای آن و وجود بی‌عدالتی در اجراست. برای نمونه، طبق ماده ۱۲۹ لایحه، اگر جمع درآمدهای یک شخص حقیقی به عدد مشخص برسد، حتی اگر این درآمدها در بسیاری موارد از معافیت‌های مالیاتی کسب شده باشد، مشمول مالیات است. مشکل بزرگ این لایحه، رویه‌های مالیاتی است. از سوی دیگر مالیات از بخش شفاف اقتصاد یعنی از دارندگان کارت بازرگانی، تولیدکنندگان دارای مجوز و حقوق‌بگیران دریافت می‌شود اما اقتصاد زیرزمینی کشور (اصناف، شرکت‌های صوری، اشخاص حقیقی دارای درآمد) مالیات نمی‌دهد. بنابراین دولت همیشه برای رشد درآمد مالیاتی و تحقق بودجه در این بخش به فعالان اقتصادی شناسایی شده و دارای مجوز و همچنین حقوق‌بگیران رسمی فشار می‌آورد و تلاشی در راستای شناسایی بخش‌های فاقد مجوز اما پردرآمد نمی‌کند و این یعنی بدون تردید رویه‌های اجرایی و ساختار مالیاتی نواقص فراوانی دارد.  در چند سال گذشته دریافت مالیات بر ارزش‌افزوده یا مالیات بر مصرف جایگزین مالیات مستقیم شده و اخذ مالیات بر بنگاه‌ها روندی کاهنده داشته است.

بر اساس تعریف سازمان ملل متحد مالیات بر ارزش‌افزوده: «مالیاتی است که در مراحل مختلف تولید توسط مودی مالیات جمع‌آوری می‌شود.» طبق قانون در نظام مالیاتی، مودی مالیاتی باید درصدی معین از کالاها و خدماتی را که می‌فروشد، از خریدار دریافت کند. این درصد در صورت‌حساب‌های فروش مودی به طور جداگانه ثبت و خریدار نیز باید از این درصد کاملا آگاه باشد. در نظام مالیات بر ارزش‌افزوده از مودی درخواست نمی‌شود که تمام مالیات دریافتی از خریدار را به دولت پرداخت کند، بلکه به وی اجازه داده می‌شود مالیاتی را که برای مصرف واسطه‌ای (خرید کالاها و خدمات برای فرآیند تولید) و تشکیل سرمایه ثابت (سرمایه‌گذاری) خویش خریداری کرده از مالیات دریافتی از خریدار کسر و مانده را به دولت پرداخت کند.  مالیات بر ارزش‌افزوده، نوعی مالیات بر مصرف است که از خریدار نهایی کالاها و خدمات اخذ می‌شود و تولیدکننده و سرمایه‌گذار، مالیاتی تحت عنوان مالیات بر ارزش‌افزوده پرداخت نمی‌کنند.

در جامعه مبتنی بر مالیات، کارایی و اثربخشی در بخش‌های مختلف اقتصادی در حالت بهینه خود قرار گرفته و منابع تولید و بهره‌وری کمترین اتلاف را به همراه خواهند داشت. در این حالت برای گسترش رفاه، چاره‌ای جز مشارکت عمومی، قانونمندی و رعایت حقوق شهروندی نیست. اکنون سازمان امور مالیاتی در ایران با تدوین فرآیندهای نادرست و سوءبرداشت از قانون، مالیات بر ارزش‌افزوده را به‌جای مالیات بر مصرف به مالیات بر تولید تبدیل کرده است و تولیدکنندگان واقعی بیش از مصرف‌کننده برای دریافت این مالیات تحت‌فشار قرار دارند. مصرف‌کننده نیز هیچ آگاهی نسبت به مالیات پرداختی ندارد زیرا در ایران روی کالا مبلغ مالیات بر ارزش‌افزوده درج نمی‌شود.

آمار به خوبی گویاست که بیشتر درآمدهای مالیاتی کشور بر تولید و تجارت تا توزیع‌کننده و مصرف‌کننده تاکید دارد. بنابراین بیشترین فشار مالیات‌های مستقیم بر شرکت‌ها و بخش‌های تولیدی اقتصاد وارد می‌شود. سهم مالیات بر درآمد از کل درآمد در جهان ۲۲ درصد و در ایران ۲۰ درصد است. همچنین مالیات بر تجارت خارجی ایران ٥/٦ درصد و جهان ۴ درصد است که بالا بودن آن تاثیر بسزایی بر کاهش اشتغال و تولید دارد. در ایران سهم مالیات بر کالا و خدمات از کل درآمدهای مالیاتی کمتر از ۵ درصد و جهان ۳۱ درصد است. این عدم توازن مشکلات فراوانی را بر اقتصاد ایران عارض می‌کند. همچنین نسبت درآمد مالیاتی به تولید ناخالص داخلی به طور متوسط در جهان ۱۵ درصد اما روند این شاخص در ایران کمتر از ۱۰ درصد است.

راهکار بهبود عملکرد مالیاتی در ایران تغییر رویه مالیاتی با تمرکز بر مراحل توزیع و مصرف کالا است. در تمام کشورهای موفق در عرصه مالیاتی تمام شهروندان موظف به ارایه اظهارنامه مالیاتی هستند و نه تنها تولیدکننده و توزیع‌کننده کالا بلکه عموم مردم نیز در هر شرایط شغلی و درآمدی وضعیت مالی شفافی دارند. فرآیندهای مالیاتی نیز آنلاین و آسان طراحی‌شده‌اند که حتی یک گردشگر هنگام خروج از کشور در صورت خرید کالا می‌تواند با ارایه فاکتور در محل فرودگاه مالیات پرداختی را مسترد کند (Tax Free) زیرا یک کالای صادراتی محسوب می‌شود. اما در ایران صادرکننده رسمی و حتی نمونه کشوری با وجود ارایه بارنامه و اسناد رسمی چندین ماه در اداره مالیات و هیات‌های حل اختلاف برای بهره‌مندی از معافیت مالیاتی با چالش‌های فراوانی روبه‌روست. با اینکه مجموعه گمرک و مالیات زیر مجموعه یک وزارتخانه هستند اما هماهنگی و رویه یکسانی برای تایید مدارک ارایه شده ندارند.

یکی دیگر از مشکلات مودیان مالیاتی در زمینه رویه‌های این سازمان، حاکمیت نظرات شخصی کارشناسان مالیاتی در تصمیم‌گیری‌هاست. گاهی درباره یک پرونده در دو اداره (شهرستان و استان) دو تصمیم متفاوت اتخاذ می‌شود و بعد نیز موضوع به هیات حل اختلاف انتقال می‌یابد که فرآیند رسیدگی بسیار طولانی می‌شود. چطور ممکن است باوجود یکسانی قانون دو کارشناس در یک سازمان درباره یک پرونده تا این اندازه اختلاف‌نظر داشته باشند و نظر شخصی یک فرد سرنوشت یک پرونده را تغییر دهد؟ علاوه بر سیستم اطلاعاتی جامع و شفاف مالی که بسترساز کاهش فساد و فرار مالیاتی است؛ مصرف بهینه درآمد مالیاتی نیز می‌تواند مشوق مردم به پرداخت مالیات باشد. بدون تردید فرهنگ مالیاتی با بروشور و آگهی ارتقا نمی‌یابد اما اگر مردم خدمات ناشی از درآمد مالیاتی دولت را به وضوح در زندگی خود لمس کنند و اطلاع‌رسانی‌ها کافی انجام شود می‌توان از نارضایتی‌های عمومی نسبت به مالیات پرداختی کاست و مردم را تشویق به پرداخت مالیات کرد.