به‌عنوان مثال در اساسنامه صندوق ذکر شده که پرداخت تسهیلات به بخش عمومی غیردولتی نباید بیش از ٢٠ درصد منابع صندوق باشد. این تأکید در بند ٤ تبصره ٣ ماده ٨٤ برنامه پنجم توسعه و همچنین در بند ٤ تبصره ٣ ماده ١٦ قانون برنامه ششم توسعه مورد تأکید قرار گرفته است؛ اما بر‌اساس گزارش مرکز پژوهش‌های مجلس عملکرد صندوق توسعه ملی تا پایان ١٣٩٥ خلاف این موضوع را نشان می‌دهد و ٣٩ درصد از منابع صندوق تا پایان شش‌ماهه سال ١٣٩٦ به بخش عمومی غیردولتی اعطا شده است.

مطابق لایحه بودجه سال ١٣٩٧ سهم صندوق توسعه ملی از درآمد حاصل از صادرات نفت و گاز ٣٢ درصد و معادل ١٦,٢ میلیارد دلار خواهد بود. اگرچه در لایحه بودجه سال ١٣٩٧ بدون در‌نظر‌گرفتن تسهیلاتی که سقف مشخصی ندارند، برای حدود ٨٤ درصد از منابع ورودی صندوق، تعیین تکلیف شده است. به طور خلاصه، در این لایحه برای استفاده از منابع ورود صندوق توسعه ملی مجوزهای زیر صادر شده است: تبصره «٤» بند «الف»: برداشت ٢٠٠ میلیون‌دلاری از صندوق برای شرکت‌ها و مؤسسات دانش‌بنیان و تجاری‌سازی نوآوری و اختراعات و ماده (٥١) قانون احکام دائمی برنامه‌های توسعه مبنی بر اختصاص بودجه به معاونت علمی و فناوری ریاست‌جمهوری. تبصره «٤» بند «ب»: اعطای تسهیلات ارزی به طرح‌های توسعه‌ای بالادستی نفت و گاز بخش‌های خصوصی، تعاونی و نهادهای عمومی غیردولتی و همچنین طرح‌های توسعه‌ای و زیربنایی سازمان‌های توسعه‌ای بخش صنعت و معدن (بدون سقف مشخص). تبصره «٤» بند «ج»: اعطای تسهیلات ارزی برای طرح‌های توسعه‌ای انواع مختلف حمل‌ونقل درون و برون‌شهری به سرمایه‌گذاران بخش خصوصی یا تعاونی (بدون سقف مشخص). تبصره «٤» بند «هـ»: اعطای تسهیلات به مبلغ ٤٠ هزار میلیارد ریال به دولت برای خرید تجهیزات آزمایشگاه‌های تحقیقاتی دانشگاه‌ها و مؤسسات آموزش عالی، پژوهشی و فناوری. تبصره «٤» بند «و»: اختصاص ٥.٨ میلیارد دلار (بیش از ٢٠٣ هزار میلیارد ریال) به ١١ حوزه مشخص، برای تحقق اهداف برنامه ششم توسعه حوزه‌های مذکور عبارت‌اند از: - آبیاری تحت فشار، کم‌‌فشار و سامانه‌های نوین آبیاری.- طرح‌های آب‌رسانی روستایی و توسعه شبکه‌های آن- سازمان‌ صدا‌و‌سیمای جمهوری اسلامی ایران- تقویت بنیه دفاعی- مقابله با ریزگردها در کشور و رفع مشکل برق خوزستان- توسعه سواحل مکران- ساماندهی حمل‌ونقل عمومی- بهبود محیط زیست، آبخیزداری و ساماندهی پسماندهای کل کشور- کمک به ساماندهی بافت‌های فرسوده و بازسازی مناطق آسیب‌دیده از زلزله- حمل‌ونقل ریلی- کمک به تسویه بدهی پاداش پایان خدمت بازنشستگان وزارت آموزش‌وپرورش.

تبصره «٤» بند «ز»: اعطای تسهیلات ارزی به مقدار ٣٥٠ میلیون دلار برای انتقال آب کشاورزی به اراضی سیستان‌و‌بلوچستان تبصره ١٩ هم مانند تبصره‌های مشابه از منظر نقض استقلال صندوق از تکالیف بودجه‌ای مخالف سیاست‌های کلی برنامه ششم توسعه و اساسنامه صندوق توسعه ملی است. در انتهای این بخش و در جدول (١) در یک نمای کلی همه تکالیفی که در لایحه بودجه سال ١٣٩٧ بر صندوق توسعه ملی تحمیل شده است، مشاهده می‌شود. در لایحه بودجه سال ١٣٩٧ سهم صندوق توسعه ملی از درآمدهای حاصل از صادرات نفت و گاز ٣٢ درصد است که معادل ١٦,٢ میلیارد دلار خواهد بود (با فرض صادرات ٢.٥٣ میلیون بشکه نفت و میعانات گازی در روز و قیمت نفت هر بشکه ٥٥ دلار). تکالیف تحمیل‌شده بر صندوق توسعه ملی در لایحه بودجه سال ١٣٩٧ شامل دو قسمت اجازه پرداخت تسهیلات به بخش‌های مختلف اقتصادی و اجازه برداشت به صورت بازگشت از منابع صندوق توسعه ملی است. در لایحه بودجه سال ١٣٩٧ بدون در‌نظر‌گرفتن تسهیلاتی که سقف مشخصی ندارند (تسهیلات پرداختی به صنایع بالادستی نفت و گاز تبصره «٤» بند «ب» و تسهیلات پرداختی به بخش حمل‌ونقل (تبصره «٤» بند «ج») اجازه برداشت حدود ٨٤ درصد از منابع ورودی صندوق به صورت برگشت از منابع و ارائه تسهیلات صادر شده است. حدود ٣٦ درصد کل منابع ورودی در حکم برگشت از منابع هستند که این حکم نیز خلاف اساسنامه و اهداف صندوق توسعه ملی است. از سهم ٥٦٠ میلیارد ریال صندوق توسعه ملی، ٢١٠ هزار میلیارد ریال‌ آن به صورت برگشت از منابع برداشت خواهد شد و بیش از ٢٥٨ هزار میلیارد ریال از منابع ورودی صندوق به صورت تسهیلات و سپرده‌گذاری بر صندوق توسعه ملی تحمیل یا تعیین تکلیف شده است که همه این موارد با بند «١٠» سیاست‌های کلی برنامه ششم مبنی بر استقلال مصارف صندوق توسعه ملی از تکالیف بودجه‌ای و قوانین عادی تعارض دارد.