سازمان برنامه و بودجه کشور در واکنش به گزارش دیوان محاسبات درباره تفریغ بودجه ۱۳۹۵، این گزارش را یکجانبه و موجب تشویش اذهان عمومی دانست و تأکید کرد:‌ متاسفانه گزارش مقدماتی و نظارتی دیوان محاسبات به مجلس شورای اسلامی که در قالب گزارش تفریغ بودجه ۱۳۹۵ ارائه شده، به دلیل یک‌جانبه بودن و عدم استماع پاسخ دولت به ایرادها و ابهام‌های مطرح شده و عدم تصریح مبنی بر این‌که اظهارات این گزارش تنها نظارتی بوده و در دادستانی دیوان محاسبات و هیئت‌های مستشاری و مراجع قضایی به اثبات نرسیده، موجب تشویش اذهان عمومی و سوءاستفاده رسانه‌های خارجی شده است.

از این رو سازمان برنامه و بودجه کشور در راستای وظایف نظارتی خود طبق ماده ۳۴ قانون برنامه و بودجه با هدف بیان واقعیت‌ها و تنویر افکار عمومی، گزارشی را در این باره تقدیم ملت بزرگ و فهیم ایران و صاحب‌نظران محترم می‌کند.

در بخشی از این اطلاعیه آمده است: «..... در خصوص عدم واریز ۱۱۴۷۹ میلیارد تومان فروش داخلی گاز طبیعی به حساب خزانه:

بر اساس سازوکار اولیه توافق‌شده بین شرکت ملی گاز ایران و خزانه‌داری کل کشور در مقطع ۱۰ ماهه  سال ۱۳۹۵، تمامی سهم هر یک از ذی‌نفعان منابع حاصل از فروش گاز طبیعی از جمله عوارض و مالیات بر ارزش افزوده، مالیات و سود سهام شرکت‌ها، سهم هدفمندی و ... مستقیما به حساب آنها نزد خزانه واریز شده است؛ در این راستا سازمان حسابرسی به‌عنوان حسابرس و بازرس قانونی این شرکت نیز مغایرتی را اعلام نکرده است.

در دو ماه پایانی سال نیز همه درآمدهای آن شرکت از همان مبدا وصول از مشتریان، به حساب خزانه نزد بانک مرکزی واریز شده است و مغایرت و ابهامی در این زمینه وجود ندارد.»