به‌طوری‌که در موارد متعدد فعالان اقتصادی نیز نسبت به قراردادهای منعقد شده گلایه و این‌گونه اظهار کرده بودند که با این اتفاق روند واردات کالا آسان‌تر خواهد شد و در نتیجه با سیل کالاهای با کیفیت پایین وارداتی مواجه خواهیم شد و تولید داخل لطمه می‌خورد؛ زیرا براساس این توافق‌نامه ترکیه می‌تواند بسیاری از تولیدات صنعتی خود را با تعرفه‌های اندک به ایران صادر کند و در ازای آن طرف ایرانی تنها کالاهای کشاورزی خود را با کاهش تعرفه به ترکیه صادر می‌کند.

با این حال موافقان این قرارداد معتقدند که این قرارداد به نفع ایران بوده و افزایش صادرات ایران به ترکیه را به همراه داشته است. حال با گذشت بیش از سه سال از عقد این قرار داد، رئیس پارلمان بخش‌خصوصی با اشاره به تبعات منفی قرارداد تعرفه ترجیحی ایران با ترکیه اعلام کرده که تا دو هفته آینده تبعات منفی این قرار داد را منتشر خواهد کرد. درحال‌حاضر ۱۲۵ کالا از طرف ترکیه و ۱۴۰ کالا از طرف ایران مشمول تجارت ترجیحی می‌شود و نهایی شده که ۶۰ تعرفه به تجارت ترجیحی از هر طرف اضافه شود یعنی ۱۲۰ قلم کالای دیگر از ایران و ترکیه‌ در لیست تبادلات دو کشور مشمول تعرفه ترجیحی می‌شوند.

غلامحسین شافعی، رئیس اتاق بازرگانی ایران، با اعلام این مطلب گفت: انعقاد قراردادهای تجاری دوجانبه و چندجانبه میان کشورها می‌تواند حضور مثبت و موثر کشورها را در عرصه تجارت جهانی تضمین کند؛ اما قرارداد تعرفه ترجیحی که میان ایران و ترکیه منعقد شد، دارای چنین مشخصه‌ای نیست. وی افزود: با توجه به عدم رعایت منافع اقتصادی ایران در تدوین قرارداد تعرفه ترجیحی میان ایران و ترکیه و عدم استفاده از نظرات کارشناسان و فعالان اقتصادی شاهد آثار بسیار منفی این قرارداد روی اقتصاد کشور هستیم.

رئیس اتاق بازرگانی ایران تصریح کرد: قرارداد تعرفه ترجیحی که میان ایران و ترکیه منعقد شده است، موجب شده تا تراز تجاری میان دو کشور به نفع ترکیه مثبت شود. شافعی با بیان اینکه اتاق بازرگانی ایران تبعات ۱۰ ماهه اخیر اجرای قرارداد تعرفه ترجیحی میان ایران و ترکیه را بررسی کرده است، ادامه داد: نتیجه این بررسی‌ها تا دو هفته آینده منتشر می‌شود تا تبعات اجرای چنین قراردادی روی اقتصاد ایران مشخص شود. رئیس اتاق بازرگانی ایران خاطرنشان کرد: اجرای قرارداد تجارت آزاد و تعرفه ترجیحی میان کشورهای همسایه راهکاری برای مقابله با قاچاق است؛ اما چگونگی تدوین و انعقاد و اجرای این قراردادها مهم است. متاسفانه قرار داد تعرفه ترجیحی ایران و ترکیه دارای چنین ویژگی نیست.