همین که قانونی تصویب شد، چه دولت و چه مردم باید از آن تبعیت کنند و در پی آن نباشند که برای منافع شخصی و گروهی، از قانون تخطی کنند. اما از حکومت قانون، گاه برداشت‌های نادرستی می‌شود.

فلاسفه حقوق غربی که مفهوم حکومت قانون ساخته و پرداخته آنهاست، در کنار مفهوم حکومت قانون، مفاهیم دیگری نیز ابداع کرده و توسعه داده‌اند که مکمل و تعدیل‌کننده آن هستند. یکی از این مفاهیم «ویژگی‌های ماهوی قانون» است که در مقابل «ویژگی‌های شکلی قانون» مطرح می‌شود. منظور از ویژگی‌های شکلی قانون، اموری همچون لزوم وضع قانون ازسوی مجلس یا سایر مراجع مشخص‌شده در قانون اساسی، لزوم انتشار قانون و نظایر آن است. روشن است که احکام و الزاماتی که شرایط شکلی قانون را نداشته باشند، لازم‌الاجرا نیستند و مفهوم حاکمیت قانون شامل آنها نمی‌شود. اما در کنار شرایط شکلی و علاوه‌بر آنها، شرایط ماهوی قانون نیز وجود دارند. مقصود از شرایط ماهوی قانون، شرایطی است که در محتوای قوانین، نه صرفا در شکل آنها باید مدنظر قرار گیرد. به‌عنوان مثال، قانونی که مبتنی‌بر نقض حقوق و آزادی‌های اساسی شهروندان به‌نحو غیر‌موجه باشد، شرایط شکلی قانون را ندارد. همچنین، قانونی که اصل برابری افراد، اصل تناظر یا اصل بی‌طرفی مقامات قضایی را نقض کند، قانون نیست و شرایط ماهوی قانون را ندارد؛ هر چند کلیه ویژگی‌های شکلی قانون را داشته باشد.

استناد به اصل حاکمیت قانون برای اجرای قوانینی که شرایط ماهوی قانون را ندارند، سوء استفاده از مفهوم حاکمیت قانون و در حقیقت، حکومت به وسیله قانون است. به‌عبارت دیگر، گاه دولت‌ها و حکومت‌ها در پی آن برمی‌‌آیند تا با ابزار وضع قانون - یا آنچه عملا در حکم قانون است نظیر بخشنامه و مقرره و دستورالعمل - حقوق و آزادی‌های اساسی و بنیادین شهروندان را محدود کنند.

این مساله در رابطه با قوانین مربوط به جرایم و مجازات‌ها و آنچه حقوق کیفری خوانده می‌شود، اهمیت بیشتری می‌یابد. یکی از مسائل اساسی در حقوق کیفری این است که حکومت‌ها باید صرفا اعمالی را جرم‌انگاری کنند که نزد مردم، نکوهیده و ناپسند هستند و جامعه آنها را منفی تلقی می‌کند. این نکوهیده و ناپسند بودن باید به حدی باشد که جامعه، به ضمانت اجراهای اخلاقی و عرفی بسنده نکند و خواستار مجازات مرتکبان آن اعمال، به‌دست حکومت شود. به‌عنوان مثال، دروغگویی اگرچه نکوهیده است اما جامعه، مجازات اخلاقی و عرفی برای آن را کافی می‌داند و خواستار آن نیست که دروغگویان ازسوی دولت مجازات شوند. اما سرقت، یا ادای شهادت دروغ نزد دادگاه، آنقدر جدی و دارای آثار سوء اجتماعی هستند که جامعه می‌پذیرد و انتظار دارد که این اعمال توسط دولت نیز مورد تعقیب و مجازات قرار گیرند. به‌عبارت دیگر، در مسائل حقوق کیفری، حقوق و نظام قضایی، پیرو جامعه است نه پیشرو آن؛ ابتدا جامعه عملی را نکوهیده و در خور مجازات می‌یابد و سپس، قانون‌گذار اقدام به مجازات آن می‌کند.

از این منظر می‌توان برخی از اقدامات و مصوبات دولت‌ها را مورد نقد قرار داد. به‌عنوان مثال، دولت حق دارد که اعلام کند قاچاق مواد مخدر و تامین ارز برای آن جرم است و برای آن مجازات‌های شدیدی را در نظر گیرد؛ چراکه افرادی که اقدام به ارتکاب این اعمال می‌کنند، در نظر جامعه و وجدان عمومی، عملی به‌شدت قبیح و سرزنش‌آمیز را انجام داده‌‌‌اند و مستوجب مجازات هستند. اما دولت نمی‌تواند شخصی را که قصد تحصیل در مقطع کارشناسی در خارج از کشور را دارد و چون ارز این امر توسط سیستم بانکی تامین نمی‌شود به بازار غیر‌رسمی مراجعه می‌کند، مرتکب قاچاق محسوب و با اوهمچون کسی که معامله مواد مخدر کرده است، برخورد کند. همچنین فردی را در نظر آورید که قصد مداوای فرزند خود در خارج از کشور را دارد؛ اما شورای پزشکی مدعی است که امکان مداوای آن شخص در داخل کشور وجود دارد. پدر یا مادر آن فرزند، قصد آن را دارند که با فروش دارایی‌های خود، ارز لازم برای مداوای وی در بیمارستان‌های خارج از کشور را فراهم کرده و بهترین امکانات درمانی را برای وی مهیا کنند. آیا وجدان جامعه می‌پذیرد که آن پدر و مادر که برای تهیه ارز به بازار غیر‌رسمی مراجعه کرده‌اند، مرتکب قاچاق و همچون معامله‌گران مواد مخدر قلمداد شوند؟ روشن است که پاسخ منفی است و اگرچه دولت، قانونا اختیار دارد که مصادیق معاملات غیر‌قانونی ارز را تعیین کند، اما استفاده از این اختیار برای مجازات مواردی نظیر آنچه گفته شد، بیش از آنکه به مفهوم حاکمیت قانون نزدیک باشد، به مفهوم حکومت به‌وسیله قانون شباهت دارد.