در این دستورالعمل مراحل ۶ گانه ورود کالا از این مناطق تشریح شده است. بر اساس این دستورالعمل،‌ در مرحله اول مقرر شده نسبت به ارسال مانیفست به پنجره واحد تجارت فرامرزی اقدام شود.

در مرحله دوم با استقرار گمرک در اسکله، عملیات پاس کشتی بر مبنای مانیفست ارسالی به پنجره واحد به‌صورت سیستمی توسط گمرک و منطقه انجام شود.

در مرحله سوم نیز عملیات اظهار به‌صورت حمل یکسره با انباری توسط خدمت گیرنده بر اساس مانیفست و ثبت سفارش از بستر پنجره واحد تجارت فرامرزی صورت گیرد.

در مرحله چهارم عملیات ارزیابی بر اساس قانون امور گمرکی و آیین‌نامه اجرایی آن پس از اظهار صاحب کالا، توسط ارزیاب منطقه بر مبنای مقررات مناطق صورت می‌گیرد و نتیجه ارزیابی در بستر پنجره واحد ارسال و نسبت به فعال‌سازی مجوزهای لازم در بستر مذکور توسط ارزیاب منطقه اقدام خواهد شد.

در مرحله پنجم عملیات کارشناسی توسط کارشناس گمرک انجام می‌شود و پس از تعیین ارزش کالا و اتمام مراحل کارشناسیِ اظهار، برای تایید مرحله صندوق در بستر پنجره واحد به مسوول منطقه ارسال می‌شود. حداکثر زمان انجام کارشناسی توسط گمرک نیز یک روز کاری خواهد بود.

در مرحله ششم نیز به عملیات درب خروج اشاره شده است. بر این اساس، عملیات درب خروج به‌صورت وضعیت موجود توسط پرسنل سازمان در سامانه گارد درب خروج گمرک صورت خواهد پذیرفت. 

این دستورالعمل بخش دیگری نیز دارد که در آن به چهار مورد اشاره شده است.

۱-پس از استقرار سامانه جامع امور گمرکی به‌عنوان سامانه داخلی مناطق، سیستم مدیریت ریسک برای تعیین ریسک در سرویس ارزیابی و درب خروج در اظهارنامه فعال خواهد شد. مدیریت ریسک برای مناطق توسط کارگروهی متشکل از نمایندگان گمرک و مناطق آزاد تعیین می‌شود.

۲- مقرر شد دسترسی مشاهده پروانه در اختیار سازمان عامل منطقه قرار گیرد.

۳- وب سرویس استعلام فعالان مجاز از سوی دبیرخانه شورای عالی مناطق آزاد در اختیار پنجره واحد قرار گیرد که ملاک اظهار در منطقه خواهد بود.

۴- استقرار سامانه جامع در مناطق آزاد با هماهنگی و حضور دفتر فناوری اطلاعات گمرک ایران، همچنین مدیریت توسعه و تسهیل صادرات در امور گمرکی و مدیریت فناوری اطلاعات دبیرخانه شورای عالی مناطق آزاد صورت خواهد گرفت.