آیا این شیوه در راستای منافع ملی کشور است؟ برخی معتقدند که اتحادیه اروپا نباید در تهران حضور داشته باشد و برخی دیگر این حضور را مفید و موثر می‌دانند. در ادامه به اختصار به استدلال‌های طرفین اشاره شده است.

موافقان تاسیس دفتر اتحادیه اروپا در ایران به این واقعیت اشاره می‌کنند که جمهوری اسلامی وجود اتحادیه اروپا را به‌عنوان یک واقعیت سیاسی در دنیای معاصر پذیرفته است و مذاکرات میان ایران و اتحادیه اروپا در عرصه‌های گوناگون به‌طور مستمر جریان دارد. از این رو طبیعی است اتحادیه اروپا دفتری در تهران و جمهوری اسلامی ایران نیز مقری در بروکسل داشته باشد تا به این ترتیب تعاملات ایران و اتحادیه اروپا با سرعت و کارآمدی بیشتری انجام شود. موافقان بر این نکته نیز تاکید می‌کنند یکی از مسائل مهم در اتحادیه اروپا این است که گاه برخی از دولت‌های عضو اتحادیه، منافع ملی خود را بر منافع اتحادیه ترجیح می‌دهند و همین امر باعث شده است که همه دولت‌های دنیا به این نتیجه برسند که موضوعات مربوط به اتحادیه را از طریق خود اتحادیه و نه از طریق دولت‌های عضو که ممکن است منافع ملی خود را در اولویت قرار دهند، پیگیری کنند. به‌عنوان مثال وقتی ایران یک موضوع مربوط به اتحادیه اروپا را با نماینده دولت فرانسه در تهران در میان می‌گذارد همواره این احتمال وجود دارد که نماینده مزبور، ملاحظات و مصالح ملی خود را نیز در رابطه با این امر مدنظر قرار دهد و هر گاه موضع دولت متبوع وی با ملاحظات اتحادیه اروپا در تعارض قرار داشته باشد، موضوع را به نحوی منعکس کند که منافع ملی کشورش در اولویت قرار داشته باشد. این در حالی است که اگر موضوع به‌طور بی‌واسطه با نمایندگان خود اتحادیه در میان گذاشته شود، چنین احتمالی به‌طور جدی کاهش می‌یابد. علاوه‌بر این، حضور نمایندگان اتحادیه اروپا در ایران می‌تواند به سرعت انجام مذاکرات میان طرفین کمک کند. در حال حاضر برای طرح مستقیم هر موضوعی با اتحادیه اروپا لازم است هیات‌هایی از جمهوری اسلامی ایران به اروپا اعزام شوند. دریافت ویزا و اعزام هیات‌ها هم هزینه‌بر و هم زمانبر است. با تاسیس دفتر اتحادیه در تهران، از بسیاری از این هزینه‌ها کاسته خواهد شد. در نهایت اینکه وجود دفتر اتحادیه در تهران می‌تواند در مواقع خاص به‌صورت یک اهرم فشار نیز عمل کند. جمهوری اسلامی ایران می‌تواند در مواقع خاص و ضروری از اهرم‌های قانونی حقوق بین‌الملل در رابطه با صدور روادید و اجازه ورود کارکنان اتحادیه به ایران استفاده کند، تا مانع برخی برخوردهای تند و افراطی اتحادیه علیه ایران شود؛ همان‌طور که بسیاری از کشورها در مواقع ضروری از وجود سفارتخانه کشور دیگر در خاک خود به‌عنوان یک اهرم فشار بهره می‌برند. به‌عنوان مثال هنگامی که ایالات‌متحده آمریکا قصد اعمال محدودیت‌های جدید بر ورود اتباع عراقی به خاک آمریکا را داشت، دولت عراق اعلام کرد که متقابلا محدودیت‌هایی را بر سفارت آن کشور در بغداد اعمال خواهد کرد و به این ترتیب عملا آمریکا را تهدید به استفاده از ابزارهای فشار خود کرد.

مخالفان تاسیس دفتر اتحادیه اروپا در تهران عمدتا به دو نکته اشاره می‌کنند. نخست اینکه نفس عدم‌صدور اجازه برای تاسیس دفتر اتحادیه اروپا در تهران، نشان‌دهنده مخالفت مواضع جمهوری اسلامی ایران با اروپا است و اگر دفتر مزبور گشایش شود، ممکن است به مثابه نشان دادن نوعی چراغ سبز به اتحادیه اروپا تلقی شود. دوم اینکه اتحادیه اروپا ممکن است از دفتر مزبور برای جاسوسی و به‌دست آوردن اطلاعات حساس کشور استفاده کند. با اندکی دقت مشخص می‌شود که هر دو استدلال از جهت نظری ضعیف و قابل‌خدشه هستند. جمهوری اسلامی ایران می‌تواند به سادگی و با اعلام صریح مواضع سیاسی خود نشان دهد که موافقت با تاسیس دفتر اتحادیه اروپا در تهران نشان‌دهنده موافقت با مواضع آن اتحادیه نیست. کما اینکه درخصوص سایر کشورهایی که در ایران حضور و دفتر نمایندگی دارند، وجود دفاتر آنها در تهران به معنای موافقت کشور با مواضع آنها نیست. درخصوص ایراد دوم نیز باید گفت این ایراد بیش از هر چیز نشان‌دهنده عدم‌اعتماد به دولت و کارکنان دستگاه‌های دولتی از یکسو و نهادهای امنیتی کشور از سوی دیگر است. به‌عبارت دیگر مطرح‌کنندگان این ایراد که دفتر اتحادیه اروپا اقدام به جاسوسی خواهد کرد بر این باورند که جمهوری اسلامی ایران پس از گذشت چهل سال از انقلاب هنوز به آن درجه از رشدیافتگی نرسیده است که بتواند با جاسوسی و درز اطلاعات حساس کشور به نحو مناسب برخورد کند و از آن پیشگیری کند و تنها راه مقابله با جاسوسی را جلوگیری از تاسیس دفاتر خارجی یا به‌عبارت دیگر حذف صورت مساله می‌داند.

با توجه به موارد فوق، به‌نظر می‌رسد که دولت و سایر نهادهای ذی‌ربط، باید مساله موافقت یا عدم‌موافقت با تاسیس دفتر اتحادیه اروپا در تهران را از منظر هزینه‌ها و فایده‌هایی که می‌تواند برای کشور داشته باشد، مورد بررسی قرار داده و در مورد آن اتخاذ تصمیم کنند. این بررسی با توجه به جنگ اقتصادی با آمریکا باید همه‌جانبه باشد. طبیعتا در شرایط کنونی تعیین اولویت‌ها کمک زیادی می‌کند تا کشور از گردنه کنونی با کمترین هزینه عبور کند.