در بخشی از گزارش مرکز پژوهش‌های مجلس شورای اسلامی درباره بررسی نسبت لایحه بودجه ۹۸ با قانون برنامه ششم توسعه، به برخی از مواردی از احکام قانون برنامه ششم توسعه که که در لایحه بودجه سال آینده مورد توجه قرار نگرفته، اشاره شده است. براساس این گزارش بازوی کارشناسی مجلس، این موارد عبارتند از:

۱- ماده ۲۹ قانون برنامه ششم توسعه: در این ماده قانون برنامه، دولت برای ایجاد شفافیت و کاهش احتمال پرداخت حقوق‌های نجومی این ماده را تصویب کرده که طی آن «دولت مکلف شده است طی سال اول اجرای قانون برنامه نسبت به راه‌اندازی سامانه «ثبت حقوق و مزایا» اقدام کند و امکان تجمیع کلیه پرداختها به مقامات، رؤسا، مدیران کلیه دستگاه‌های اجرایی شامل قوای سه‌گانه جمهوری اسلامی ایران را فراهم نماید، به نحوی که میزان ناخالص پرداختی به هریک از افراد فوق مشخص شود و امکان دسترسی برای نهادهای نظارتی و عموم مردم فراهم شود». در لایحه بودجه سال ۱۳۹۸ ردی از اختصاص بودجه‌ای برای اجرای این حکم مشاهده نشد.

۲- جزء ۲ ماده ۶۳ قانون برنامه ششم توسعه: در این بند دولت مکلف شده در قالب بودجه‌های سنواتی نسبت به تهیه نظام رتبه‌بندی معلمان و استقرار نظام پرداخت‌ها بر اساس سند تحول و نقشه جامع علمی کشور با تصویب مجلس شورای اسلامی اقدام کند. این در حالی است که اعتبارات این بخش در سرجمع اعتبارات آموزش و پرورش لحاظ نشده است.

۳- بند «ث» ماده ۶۳ قانون برنامه ششم توسعه: در برنامه ششم توسعه دولت مکلف است به منظور افزایش ایمنی و مقاوم‌سازی مدارس و فضاهای پرورشی و ورزشی وزارت آموزش و پرورش معادل ریالی مبلغ سه میلیارد دلار در طول اجرای قانون برنامه از محل حساب ذخیره ارزی پس از کسر سهم صندوق توسعه ملی با اولویت طرح‌های (پروژه‌های) نیمه‌تمام آموزشی، پرورشی و تربیت‌بدنی آموزش و پرورش اختصاص دهد که این مهم نیز در لایحه بودجه سال ۱۳۹۸مشاهده نمی‌شود.

۴- جزء ۲ بند «الف» ماده ۲۷ قانون برنامه ششم توسعه: این بند دولت را مکلف به اختصاص بودجه کافی به نواحی روستایی و عشایری کرده است. اگرچه در لایحه بودجه سال ۱۳۹۸ در راستای این بند مجموع اعتبارات دارایی‌های سرمایهای روستایی و عشایری را به تفکیک جداول ۷، ۹ و ۱۰ و طرح‌های تملک دارایی‌های سرمایه‌ای مندرج در پیوست ۱ لایحه قید کرده است. ولی جداول مذکور، مقصود بند مربوطه در برنامه ششم توسعه را محقق نکرده است.

۵- بند «الف» و بند «ج» ماده ۳۱ قانون برنامه ششم توسعه: بندهای مربوطه در قانون برنامه ششم توسعه موضوعات مهمی نظیر توسعه کشاورزی حفاظتی، توسعه کشت نشایی، به‌نژادی و به‌زراعی و توسعه کشت محصولات سالم و محصولات زیستی (ارگانیک) را شامل می‌شوند، اما در لایحه بودجه سال ۱۳۹۸ اعتبار شفاف و مستقلی برای آنها ارائه نشده است.