برای افزایش شفافیت مالیاتی، وزارت امور اقتصادی و دارایی پیشنهاد جایگزین کردن عبارت "مالیات صفر" را به جای عبارت "معافیت " در قانون‌های چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری-صنعتی جمهوری اسلامی ایران و قانون حمایت از شرکت‌ها و موسسه‌های دانش بنیان و تجاری سازی نورآوری‌ها و اختراعات را ارائه کرده است.

براساس این گزارش، مطابق با ماده ۲۳ قانون احکام دایمی برنامه‌های توسعه کشور به منظور هدفمندسازی معافیت‌ها و شفاف‌سازی حمایت‌های مالی دولت، سازمان امور مالیاتی موظف است مالیات با نرخ صفر را جایگزین معافیت‌های قانونی کند و موارد آن را در ردیف‌های جمعی- خروجی بودجه سالانه، محاسبه و درج نماید.

در همین راستا، وزارت امور اقتصادی و دارایی پیشنهاد اصلاح قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری۰ صنعتی جمهوری اسلامی ایران و قانون حمایت از شرکت‌ها و موسسه های دانش بنیان و تجاری سازی نورآوری‌ها و اختراعات را ارائه کرده است.

براساس متن ماده واحده پیشنهادی:

۱- در ماده ۱۳ قانون چگونگی اداره مناطق تجاری- صنعتی جمهوری اسلامی ایران مصوب ۷ شهریور ۱۳۷۲ و اصلاحیه بعدی آن عبارت «به مدت بیست سال مالیات بر درآمد و دارایی موضوع قانون مالیات‌های مستقیم آنان مشمول مالیات با نرخ صفر خواهد بود» می‌گردد.

۲- در بند (الف) ماده ۳ قانون حمایت از شرکت‌ها و موسسه‌های دانش بنیان و تجاری‌سازی نوآوری‌ها و اختراعات مصوب ۵ آبان ۱۳۸۹ و اصلاحیه‌های بعدی آن عبارت «مشمول مالیات به نرخ صفر و مالیات از پرداخت عوارض، حقوق گمرکی، سود بازرگانی و عوارض صادراتی به مدت پانزده سال» جایگزین عبارت «معافیت از پرداخت مالیات، عوارض، حفوق گمرکی، سود بازرگانی و عوارض صادراتی به مدت پانزده سال» می‌گردد.

۳- در ماده ۹ و بند (ج) ماده ‍‍‍‍۱۱ قانون حمایت از شرکت‌ها و موسسههای دانش‌بنیان و تجاری‌سازی نوآوری‌ها و اختراعات مصوب ۵ آبان ۱۳۸۹ و اصلاحیه‌های بعدی آن عبارت « نرخ صفر مالیاتی» جایگزین عبارت «معافیت‌های مالیاتی» می‌گردد.