در بخشنامه‌ای که توسط محمود علیزاده معاون حقوقی و فنی مالیاتی سازمان امور مالیاتی ابلاغ شده، آمده است: با توجه به مقررات جزء (۲) بند (الف) تبصره ۱۲ قانون بودجه سال ۱۳۹۹ کل کشور مقرر می دارد:
۱- سقف معافیت مالیاتی موضوع ماده ۸۴ قانون مالیات‌های مستقیم، در سال ۱۳۹۹ سالانه مبلغ سیصد و شصت میلیون (۳۶۰.۰۰۰.۰۰۰) ریال تعیین می شود.
۲- نرخ مالیات بر کل درآمد کارکنان دولتی و غیر دولتی اعم از حقوق و مزایای فوق العاده و کارانه مازاد بر مبلغ مذکور تا یک و نیم برابر آن مشمول مالیات سالانه به نرخ ده درصد (۱۰درصد) و نسبت به مازاد یک و نیم برابر تا دو و نیم برابر آن مشمول مالیات سالانه پانزده درصد (۱۵درصد) و نسبت به مازاد دو و نیم برابر تا چهار برابر آن مشمول مالیات سالانه بیست درصد (۲۰درصد) و نسبت به مازاد چهار برابر مشمول مالیات بیست و پنج درصد (۲۵درصد) است.
اشخاصی که از معافیت‌های مالیاتی موضوع تبصره (۱) ماده ۸۶ قانون مالیات‌های مستقیم بهره‌مند هستند مشمول معافیت ماده ۸۴ قانون مذکور مطابق مقررات این جزء نمی‌شوند.
۳- حقوق اعضای هیأت علمی دانشگاه‌ها با رعایت ماده ۵ قانون اصلاح پاره‌ای از مقررات مربوط به پایه حقوق اعضای هیأت علمی (آموزشی و پژوهشی) شاغل و بازنشسته دانشگاه‌ها و موسسات آموزش عالی مصوب ۱۶ اسفند ۱۳۶۸ با اصلاحات و الحاقات بعدی، با رعایت معافیت‌های مقرر در قانون مالیات‌های مستقیم، در سال ۱۳۹۹ مشمول مالیات به نرخ ده درصد (۱۰درصد) خواهد بود.
۴- براساس ماده ۵ قانون اصلاح پاره‌ای از مقررات مربوط به پایه حقوق اعضای رسمی هیأت علمی (آموزشی و پژوهشی) شاغل و بازنشسته دانشگاه‌ها و موسسات آموزش عالی: «از درآمد مشمول مالیات اعضای هیأت علمی موضوع این قانون با رعایت معافیت‌های مقرر در قانون مالیات‌های مستقیم حداکثر ده درصد (۱۰درصد) به عنوان مالیات کسر خواهد شد. » با توجه به اینکه در جزء (۲) بند (الف) تبصره ۱۲ مذکور عبارت «کارانه» خارج از موارد استثناء شده مربوط به حقوق اعضای هیأت علمی به کار رفته است، بنابراین کارانه دریافتی توسط اعضای هیأت علمی (با رعایت بخشنامه ۲۰۰/۹۸/۵۱۸ مورخ ۲۱ بهمن ۱۳۹۸) مشمول نرخ ده درصد (۱۰درصد) نبوده و با توجه به میزانی که حقوق و مزایای اعضای هیأت علمی دانشگاه ها نرخ پلکانی مقرر را پوشش می‌دهد به نرخ بعدی مشمول مالیات خواهد بود.
به عنوان مثال: چنانچه حقوق و مزایای فوق العاده اعضای هیأت علمی مبلغ ۱.۲۶۰.۰۰۰.۰۰۰ ریال باشد، کارانه دریافتی به نرخ‌های مربوط به درآمد مازاد بر مبلغ یاد شده (حسب مورد ۲۰درصد و ۲۵درصد) مشمول مالیات خواهد بود.
در این بخشنامه آمده است: خاطرنشان می‌شود، معافیت حقوق موضوع ماده ۸۴ قانون مالیات‌های مستقیم ابتدا به حقوق و مزایای فوق‌العاده اعضای هیأت علمی اعمال می‌شود، در صورتی که معافیت مذکور مازاد بر حقوق و مزایای فوق العاده باشد، مازاد مذکور قابل اعمال به کارانه دریافتی اعضای هیأت علمی نیز خواهد بود.
۵- با توجه به استثنای احکام تبصره‌های ۱ و ۲ ماده ۸۶ قانون مالیات‌های مستقیم و اصلاحات بعدی آن از مقررات جزء (۲) بند (الف) تبصره ۱۲ یاد شده، تمامی احکام تبصره‌های ۱ و ۲ ماده واحده قانون اصلاح ماده ۸۶ قانون مالیات‌های مستقیم مصوب ۲۷ تیر ۱۳۹۶ (اعم از نرخ و...) مطابق مقررات، در سال ۱۳۹۹ کماکان لازم الاجراء است.
۶- نرخ مالیات بر درآمد سالانه مشمول مالیات حقوق، موضوع بند ۲ به شرح ذیل است:
ایبنا