ماده ۵۴ قانون برنامه ششم توسعه که از مواد الحاقی آن بود، در ابتدای دی ماه به تصویب مجلس رسید و شامل دو بند «الف» و «ب» بوده که در آن بند «الف» تشکیل شورای معادن در هر استان را مطرح کرده است و در شرح وظایف آن مواردی نظیر نظارت بر استخراج معادن شناسایی شده و نظارت بر هرگونه فروش و واگذاری پروانه بهره‌برداری معادن آمده است؛ ضمن اینکه در این ماده قانونی مصوب ذکر شده است که حساب‌های بانکی و گردش مالی خرید و فروش‌های معادن با رعایت ضوابط قانونی، باید در استان‌های محل ذخایر معدنی انجام گیرد و دفاتر مالی و قانونی مربوطه در استان‌های مذکور مستقر می‌شود و حوزه مالیاتی آنها در همان استان‌ها تعیین می‌شود و شورای معادن استان موظف است بر اجرای این بند نظارت کند.
از جمله انتقادهایی که بر این بخش از این ماده وارد می‌کنند، این است که سرمایه‌گذارانی که یک دفتر مرکزی دارند و چند معدن را در چند استان مدیریت می‌کنند مجبور خواهند شد برای هر معدن در هر استان یک حساب مالی جدا و یک دفتر مستقل ایجاد کنند که مجموع این اتفاقات به نظر، با قانون تجارت مغایر می‌آید.همچنین مقرر شده است یک درصد فروش معادن جهت جبران خسارت‌هایی که به اهالی ساکن در منطقه و بخش کشاورزی آنها می‌رسد، علاوه بر عوارض آلایندگی صرف شود که البته فعالان معدنی ایراد عدم مطابقت این بند را با قانون معادن مبنی بر لزوم عدم تحمیل هزینه اضافی به این واحد‌ها می‌دانند. احمد شریفی، دبیر کل انجمن سنگ ایران با اشاره به ماده ۵۴ برنامه ششم که به‌طور خاص معادن و صنایع معدنی را مخاطب خود قرار داده است، آن را مغایر با بخش‌هایی از قوانین جاری حمایت از تولید و قانون معادن می‌داند و در همین رابطه گفت: در این ماده بندهایی لحاظ شده که در همین قانون فعلی نیز اخلال ایجاد می‌کند و از جمله آن ساختاری است که برای شوراهای استانی در نظر گرفته شده است، چراکه به گونه‌ای طرح شده که نه‌تنها اختیارات آن را از شورای عالی معادن فراتر برده است، بلکه با در رأس قرار دادن استاندار، عملا مساله پاسخگویی را از گردن وزارت صنعت، معدن و تجارت سلب کرده است.
وی همچنین با اشاره به اینکه دیگر انتقادهایی بر این ماده قانونی مصوب وارد است از ارسال نامه‌ای در راستای اعتراض و اصلاح ماده ۵۴ قانون برنامه ششم به شورای نگهبان خبر داد که موارد طرح شده در آن در زیر می‌آید.
1- این ماده ناقض پاسخگویی وزیر صنعت، معدن و تجارت به مجلس شورای اسلامی است زیرا به موجب ماده ۲ قانون معادن استقرار حاکمیت دولت بر معادن کشور برعهده وزارتخانه مذکور در چارچوب قانون معادن است.
2- با توجه به ترکیب شورای عالی معادن در ماده ۱۲ قانون مذکور و وظایف مندرج در تبصره ۳ آن، ترکیب و وظایف شوراهای استانی متفاوت و مغایر با ماده ۱۲ قانون معادن است.
3- قانون معادن حدود وظایف شورای عالی معادن را تعیین کرده است. با توجه به اینکه در ماده ۵۴ قانون برنامه ششم، اختیارات شوراهای استانی براساس مصوبات شورای عالی معادن تعیین می‌شود، بنابراین اختیارات مصرح در شوراهای استانی که خارج از اختیارات شورای عالی معادن است، مغایر با قانون معادن است.
4- نظارت بر فعالیت‌های معدنی براساس ماده ۳۴ و ۲۷ قانون معادن از اختیارات وزارت صنعت، معدن و تجارت و سازمان نظام مهندسی معدن است. انتقال وظایف نظارتی وزارت مذکور و سازمان نظام مهندسی معدن در شوراهای استانی، مغایر قانون معادن و قانون سازمان نظام مهندسی معدن است.
5- شرکت‌های تاسیس شده طبق قانون تجارت می‌توانند در نقاط مختلف کشور فعالیت تولیدی و بازرگانی داشته باشند و دفاتر قانونی و مالیاتی آنها باید در دفتر مرکزی شرکت انجام شود. بند ۴-۱- ماده ۵۴ ناقض قانونی تجارت است و امکان عملی آن وجود ندارد.
6- بند ۵-۱- ماده ۵۴ مغایر با ماده ۲۹ قانون معادن و ماده ۵۲ قانون ارزش افزوده است. به استناد ماده ۲۹ قانون معادن مقرراتی که منجر به تحمیل هزینه غیرمرتبط و سربار برای تولید باشد، کان لم یکن تلقی شده و به استناد ماده ۵۲ قانون ارزش افزوده، برقراری و دریافت هرگونه مالیات غیرمستقیم و عوارض دیگر از تولیدکنندگان و واردکنندگان کالاها و ارائه‌دهندگان خدمات ممنوع است.
7- به استناد به ماده ۱۲ قانون معادن شورای عالی معادن برای ایجاد وحدت رویه و هماهنگی در انجام تکالیف و اختیارات تعیین شده در قانون معادن و حفظ حقوق دولت و دارندگان پروانه فعالیت‌های معدنی و ایجاد امنیت سرمایه‌گذاری تشکیل می‌شود. متاسفانه شوراهای استانی با ترکیب متفاوت با اعضای شورای عالی معادن و وظایفی فراتر از شورای عالی معادن، ناقض ایجاد وحدت رویه، حفظ حقوق دولت و دارندگان پروانه فعالیت‌های معدنی و همچنین موجب عدم امنیت در سرمایه‌گذاری خواهد بود.
دنیای اقتصاد